Nanobind Big DNA Kit（細胞・全血・バクテリア用）

Nanobind CBB Big DNA Kit (Cells, Bacteria, Blood)

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よくあるご質問16件

ハイクオリティな高分子ゲノムDNAを最適に抽出・精製を可能にするキット

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お知らせ

2022年9月12日
- その他
CatNo.：

102-208-200 / 102-208-300 / 102-208-400 / 102-301-900 / 102-302-000 / 102-302-100
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Nanobindとは？

Nanobindは、PacBio社が独自に開発した高密度シリカのナノ構造を利用したテクノロジーです（図1）。
Nanobindテクノロジーを磁気ディスクと組み合わせることにより、従来の磁気ビーズやシリカ製スピンカラムを使用するキットでは実現できなかった、ハイクオリティな高分子(~300+ kb）または超高分子(~1+ Mb)ゲノムDNAを抽出・精製することが可能となり、第3世代シークエンス時のN50値を大幅に向上させることができます。

図1. Nanobindによる高密度シリカ表面構造のSEM画像。

サンプルタイプに応じたNanobind Big DNA Kitのラインナップ

細胞、全血、バクテリア用	組織用	植物用
Nanobind CBB Big DNA Kit (本製品)	Nanobind Tissue Big DNA Kit	Nanobind Plant Nuclei Big DNA Kit

Nanobind CBB Big DNA Kit (Cells, Bacteria, Blood)の特長

高分子ゲノムDNA抽出キット（細胞・全血・バクテリア用）
ハイクオリティな高分子（50 kb – 300+ kb）または超高分子（～1+ Mb）ゲノムDNAを抽出・精製
第3世代ロングリードシークエンス時のN50値を大幅に向上
ハイクオリティな高分子ゲノムDNA（50 kb – 300+ kb）抽出キット
本製品は細胞・全血・バクテリア用です。
（組織、植物に使用可能なラインナップもございます。詳しくは上記ラインナップをご覧ください。）

期待される収量

HMW（50 kb – 300+ kb）およびUHMW（50 kb – 1+ Mb）DNA抽出用のプロトコルを使用した場合（図2）。
抽出されたDNAは、PacBio RSII / Sequel、Oxford Nanopore MinION / GridION / PromethION、Bionano Genomics Irys / Saphyr、10X Genomics Chromiumなど、さまざまなゲノミクスプラットフォームで使用されています。

図2.Nanobind CBB Big DNA Kitを使用して抽出したHMWおよびUHMW DNAのパルスフィールドゲル電気泳動（PFGE）の比較。HMWプロトコルは通常、50〜300+ kbのDNAを取得できます（レーン左）。 UHMWプロトコルは、長さが5.7 Mbを超えるメガベースDNAを取得できます（レーン右）。

サンプルと期待収量

HMWゲノムDNAの収量は、使用するサンプルによって異なります。
次の表に、検検証済みサンプルの推奨インプット量の範囲と予想収量を示します（図3）。
各サンプルは、ロングリードシーケンスによって検証されています。

シークエンス結果

Nanobind CBB Big DNA Kitを使用していくつかのサンプルタイプから抽出されたHMW DNAのシーケンス検証は、PacBio®Sequel®ロングリードシーケンスプラットフォームを使用して実行されました（図4）。

ワークフロー

プロトコル選択ガイド

サンプルタイプ毎にプロトコルが最適化されておりますので、下記リンクからご参照ください。
Nanobind CBB Kitの全てのプロトコルはNanobind Tissue Kitでも使用することが可能です。血液や細菌、培養細胞などのサンプルのみを使用する場合はNanobind CBB Kitをおすすめいたします。組織サンプルからの抽出も検討されている場合は、Nanobind Tissue Kitのご使用をご検討ください。

サンプルタイプ	インプット量	プロトコル	キット
培養細胞	1x10⁶ - 5x10⁶ cells	Procedure & checklist Extracting HMW DNA from cultured cells using Nanobind® kits	Nanobind CBB Kit or Nanobind Tissue Kit
グラム陰性菌	5x10⁸ - 5x10⁹ bacterial cells	Procedure & checklist Extracting HMW DNA from Gramnegative bacteria using Nanobind® kits
グラム陽性菌	5x10⁸ - 5x10⁹ bacterial cells	Procedure & checklist Extracting HMW DNA from Grampositive bacteria using Nanobind® kits
哺乳類の全血	200 µL	Procedure & checklist Extracting HMW DNA from mammalian whole blood using Nanobind® kits
血液由来の有核細胞	5-30 µL	Procedure & checklist Extracting HMW DNA from nucleated blood using Nanobind® kits

仕様

キット構成内容

製品名	Nanobind CBB Big DNA Kit(Cells, Bacteria, Blood)
入数	24回分/1キット
構成内容	Nanobind Disks
	Proteinase K
	RNase A
	Buffer CLE3
	Buffer BL3
	Buffer CW1 Concentrate
	Buffer CW2 Concentrate
	Buffer EB

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