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ショートリード・エリミネーターキット（低分子DNA除去キット） ショートリード・エリミネーターキット（低分子DNA除去キット） ショートリード・エリミネーターキット（低分子DNA除去キット） ショートリード・エリミネーターキット（低分子DNA除去キット）
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ショートリード・エリミネーターキット（低分子DNA除去キット）

（Short Read Eliminator Kit）

Pacific Biosciences of California Inc

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オーダー情報

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  • 別途送料請求あり 別途送料請求あり
  • 返品不可キャンセル・返品不可
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  • ECEC going 特別価格

納期/出荷日について

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月曜～金曜（土日祝日除く）12時迄に販売店様よりご注文いただき弊社倉庫に在庫がある場合、基本的には当日出荷させていただきます。
弊社倉庫に在庫がない、もしくは何らかの事情で当日出荷ができない場合は、弊社よりご注文いただいた販売店様へ納期のご連絡をさせていただきます。
※冷凍品（-20℃）に関しては、原則として休前日（金曜日など）の出荷を行っておりませんのでご了承ください。（一部販売店様向けを除く）

在庫情報更新日時:2023-06-01 21:50

CatNo. メーカーコード・旧型番 概要 単位 価格 在庫 EC価格
SS-100-121-01 Short Read Eliminator Kit XS
販売中止 		15回用 販売中止
SS-100-101-01 Short Read Eliminator Kit
販売中止 		15回用 販売中止
SS-100-111-01 Short Read Eliminator Kit XL
販売中止 		15回用 販売中止
102-208-200 SS-100-121-01 Short Read Eliminator Kit XS 15回用 在庫あり
102-208-300 SS-100-101-01 Short Read Eliminator Kit 15回用 在庫あり
102-208-400 SS-100-111-01 Short Read Eliminator Kit XL 15回用 在庫あり

EC going 及び BPM購入システムとは？
EC going FAQ

製品概要

お知らせ

＜2022年9月12日掲載＞

この度、Pacific Biosciences of California社がCirculomics社を買収したことにより、Circulomics社製品の販売元、
型番、包装単位、および価格が変更されることとなりました。
製品をご愛顧いただいているお客様には誠に恐縮ではございますが、何卒ご理解賜りますよう宜しくお願い申し上げます。

詳しい内容につきましては、ご案内文にてご確認くださいますようお願い申し上げます。

 

変更時期：

2022年9月30日までCirculomics 社の現型番にて販売（弊社在庫がなくなり次第、新型番に切替）
2022年10月1日よりPacific Biosciences of California社の新型番にて販売

 

ご案内文はこちら＞＞こちら

 

 

高分子DNAの迅速なHighPassサイズセレクションに最適

特長

本製品は、サイズ選択的な沈殿法により最大 40 kb未満のショートリードを除去することが可能なキットです。

長さが最大40 kbの短いDNAを除去することで、結果的に平均リード長を劇的に向上させることができます（図1）。

 

図1. Short Read Eliminator（SRE）Kitを用いてサイズ選択されたHMW gDNAの1％アガロースゲル分離。 SRE Kitを用いることで短いDNAバンドが全て除去されました（レーン右）。DNAサイズのカットオフは、スパイクインラダー（Thermo Scientific GeneRuler 1 kb Plus、＃SM1334）を用いて実証されています。 サンプルはNanobind CBB Big DNA Kit + 20 ng /uLラダーを用いてGM12878細胞から抽出した50 ng /uLgDNAです。

ラインナップ

品名 カットオフサイズ インプットDNA 回収効率 補足

Short Read Eliminator XS

 10 kb 25 - 150 ng/ µL 80% 断片化DNAに最適

Short Read Eliminator

 25 kb 50 - 150 ng/ µL 60%

高品質のDNAが必要

（>48 kb）

Short Read Eliminator XL

 40 kb 50 - 150 ng/ µL 40%

より高品質なDNAが必要

（>>48 kb）

※Shot Read Eliminator KitはHMW DNAサンプルから短鎖DNAを徐々に除去します。（すなわち短いDNAは長いDNAよりも完全に枯渇する）高い回収率を得るためには、入力DNA品質に基づいて適切なキットを選択する必要があります。

　

期待される結果

平均リード長は、以下に依存します。
１）インプットDNA中に存在する短鎖DNAの量
２）インプットDNA中に存在する長鎖DNAの量

Oxford Nanopore MinION / GridION / PromethION シークエンシングプラットフォームにおいては、リード長N50が最大25 kb増加する事を試験済みです。（PacBio Sequelでのテストは未実施）

＊試験では、1D Ligation Sequencing Kit  SQK-LSK109 を使用しております。

全体的な回収効率は、以下に依存します。
1）インプットDNAの品質
2）インプットDNAの濃度
本キットにより高分子（High Molecular Weight）DNAの約60％を回収することが期待できます。

サンプルは主に高分子DNA（> 48 kb）で構成されている必要があり、そうでない場合には回収率が低下します。

 


 


図2. 図1と同一のサンプルをAgilent Tapestation 4200 により分析した結果。 SRE Kitを用いることで短いDNAバンドが全て除去されました（レーン右）。

処理は約1～2時間で完了

処理は、シンプルな遠心分離工程および２回の洗浄工程のみ。合計処理時間は1〜2時間です。



関連製品

仕様

キット構成内容

・Buffer SRE 1mL

・Buffer EB 2mL

 

保存条件：室温（18～25℃）にて保管して下さい。

デモ・サンプル・その他お問い合わせはお気軽に

製品によってはサンプルのご用意が無い場合もございます。予めご了承ください。

お問い合わせ

アプリケーションノート

SDS

FAQ

製品仕様

この製品は、日本国内の法規制に何かしら該当しますしょうか。

国内法規制非該当です。

製品仕様

Buffer SREとBuffer EBの組成を教えてください。

Buffer SREの組成は非公開です。

Buffer EBの組成はTris-HCl及びEDTAです。

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この製品に関するFAQ一覧

レビュー

5 1件のレビュー

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5.0

2019年06月27日

事前の設備導入の必要なく簡便かつ効率よく高分子DNAのみを得ることができる

• Short Read Eliminatorはほぼエタノール沈殿と同等の手順で、事前の設備導入の必要なく簡便かつ効率よく高分子DNAのみを得ることができる。
• サイズ分布としては15 kbp以下をほとんど落としているように見える。
• カタログにあるように、25 kbp以下は減少が見られる（input DNAでのサイズセレクション結果で見られるなで肩部分が失われている）
• 25 kbp以上の高分子に関してはほぼ失うことなく回収できてる印象。ただし、200 kbp以上の超高分子はピペッティングや遠心のステップの関係でロスしている。（>15 kbpのセレクションをちゃんとできるためには相応にかなり長いDNAが抽出できている必要がある。）
• リードの分布を見ると多少短い断片も残ってしまっているが、簡便かつ機器などの初期投資が不要なため非常に優秀な印象。

（日本ジェネティクスより）
こちらのお客様の事例（アプリケーションノート）は下記よりダウンロードしてご覧頂けます。

「ナノポアシーケンスライブラリ調製（GridION/MinION）におけるShort Read Eliminator Kitによるサイズセレクション」
⇒　ダウンロードはこちら

慶應義塾大学先端生命科学研究所 荒川 和晴様

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