Nanobind Ultra-Long Library Prep Kit （オックスフォードナノポア MinION、GridION、PromethION用）

Name: Nanobind Ultra-Long Library Prep Kit （オックスフォードナノポア MinION、GridION、PromethION用）
Brand: Pacific Biosciences of California Inc

（Nanobind Ultra-Long Library Prep Kit）

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オーダー情報

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在庫情報更新日時:2023-06-01 21:50

CatNo.	メーカーコード・旧型番	概要	単位	価格	在庫
NB-900-601-01		Nanobind UL Library Prep Kit 販売中止	6回用
キット構成： Nanobind UL Library Prep Kit ×1 UHMW DNA Aux Kit ×1

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製品概要

お知らせ

＜2023年1月18日掲載＞
この度、Pacific Biosciences社より、本製品の販売終了案内がありましたのでご案内申し上げます。
製品をご愛顧いただいているお客様には誠に恐縮ではございますが、皆様方のご理解、ご協力を賜りますようお願い申し上げます。
詳しい内容につきましては、ご案内文にてご確認くださいますようお願い申し上げます。

ご案内文はこちら＞＞こちら

【注意事項】
使用可能なシーケンサーのモデルは、MinION、GridION、PromethIONの3機種です。

Oxford Nanopore MinION、GridION、PromethIONでのウルトラロングリードシーケンスを実施する際には、以下のキットが必要となります。

①サンプルタイプに応じたNanobind Big DNA Kit

細胞、全血、バクテリア用：Nanobind CBB Big DNA Kit

組織用：Nanobind Tissue Big DNA Kit

植物用：Nanobind Plant Big DNA Kit

②Oxford Nanopore Ultra-Long DNA Sequencing Kit (#SQK-ULK001)

※Oxford Nanopore Technologies社のサイトに移動します。

本製品は、Oxford Nanopore Technologies社と共同で開発したウルトラロングシーケンスに特化したライブラリー調製キットです。
本製品およびOxford Nanopore Ultra-Long Sequencing Kit(#SQK-ULK001)とNanobind Big DNA Kitを組み合わせて最適化されたプロトコール(*1)を使用することで、N50リード長を50～100 Kbに、データスループットをMinIONで10～20＋Gb、PromethIONで40～100＋Gbに向上することが可能です。さらに最大リード長では4 Mb＋を得ることも可能です。

*1 最適化されたプロトコール「Nanobind Library Prep - Ultra Long Sequencing Protocol」は本ページ技術資料に掲載しています。

Nanobind Library Prep - Ultra Long Sequencing ワークフロー

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Nanobind Ultra-Long Sequencingは、適切なNanobind Big DNA Kit (細胞、全血、バクテリア用/植物用/組織用)を使用した超高分子量(UHMW)DNA(50 Kb - 1+ Mb)の抽出から始まります。
Oxford Nanopore Ultra-Long DNA Sequencing Kitを用いてライブラリーを調製し、Nanobind UL Library Prep Kitを用いてクリーンアップを行います。
ライブラリーはOxford Nanopore MinION、GridION、またはPromethION装置でシーケンスすることができます。
Oxford Nanopore Flow Cell Wash Kitは、スループットを最大化するためにライブラリーの洗浄とリロードに使用します。

サンプルタイプ別キットセレクションガイド

Nanobind UL Library Prep KitにはUHMW DNA Aux Kitが付属しています。

このAux Kitは、Nanobind Big DNA Kitと組み合わせて使用し、UHMW DNA抽出を行います。

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超ロングシーケンス検証結果

N50リード長を50～100 Kbに、データスループットをMinIONで10～20＋Gb、PromethIONで40～100＋Gbに改善することが可能です。

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最長リード（4.2 Mb）データ

1～2+ Mbのリードが日常的に生成され、記録されるリードの長さが継続的に増加しています。

この方法を使って、2.4 Mb、2.9 Mb、そして最近では4.2 Mbの記録的なリードを生成しました。
大腸菌ゲノムのアセンブルにもこの方法が用いられています。（※下図参照）

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細胞株 HG02723でのシーケンスデータ

MinIONではN50リード長が96.8 Kb、トータル24.5 Gb、リード長100 Kb以上が11.9 GB、200Kb以上が4.7 GB

PromethIONではN50リード長が93.1 Kb、トータル129 Gb、リード長100 Kb以上が60.5 Gb、200Kb以上が20.3 Gb

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各種サンプルタイプによるシーケンスデータ

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データスループット改善データ

HG02723細胞から3Xライブラリーを調製し、MinlONとPromethlONでシーケンスを行いました。
左と中央の図は、時間経過に伴うスループットを示しています。
右の図は、シーケンシングと洗浄のステップにおいて、期待される高いポア占有率と高いポア回収率を示しています。

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従来プロトコール（緑）とUltra-Longプロトコール（青）のデータ比較

SRE + LSK109（Shafin et al Nat Biotech 2020）のリード長分布を見ると、超ロングリードのテールが大幅に太くなっています。
LSK109を用いたシーケンシングランでは、通常、200 Kb以上のデータはほとんど生成されないのに対し、ウルトラロングランでは、高いスループットを維持しながら、200 Kb以上のリードで10～20％のデータを生成することができます。

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仕様

キット構成内容

CatNo.	NB-900-601-01
製品名	Nanobind UL Library Prep Kit
入数	6回用
構成内容	BOX1：Nanobind UL Library Prep Kit
	Nanobind Disks(6)
	Buffer NAF(3.3 mL)
	Buffer WAF(13.2 mL)
	Buffer EB+(10 mL)
	BOX2：UHMW DNA Aux Kit
	10x Buffer DNA(10 mL)
	Proteinase K(0.25 mL)
	RNase A(0.25 mL)
	Buffer CLE3(0.45 mL)
	Buffer ULL(5 mL)
	Buffer CS(0.5 mL)