KAPA HyperCap Oncology panel

がんゲノムプロファイリングなどに用いるKAPA HyperCapture用Oncologyパネル

 

KAPA HyperCap Oncologyパネルは、腫瘍の体細胞遺伝子研究で使用される13の遺伝子などをターゲットにした総サイズ214 kbの領域をカバーするハイブリダイゼーションキャプチャー用パネルです。

 

特長

ホルマリン固定パラフィン包埋組織サンプル（FFPET）およびcfDNAより、サンプルの状態に左右されず、特異性の高い検出ができるように最適化されています。

 

パネルデザインと用途

• 腫瘍の体細胞遺伝子検査で用いられる13の遺伝子（ATM、BRCA1、BRCA2、BRIP1、CHEK2、EGFR、ERBB2、KRAS、MET、MYCN、RAD51C、RAD51D、 TP53）をカバー
• 67個の関連遺伝子に存在する変異ホットスポットもカバー
• 様々な用途で使用可能：体細胞遺伝子変異研究のためのカタログパネルとして。カスタムパネルを使う前のパフォーマンス評価に。プロセス評価用パネルとして

 

低品質なFFPETサンプルからも精度の高いシーケンスが可能

• FFPETサンプル由来のDNAからの専用のプロトコール（KAPA HyperCap FFPET DNA ワークフロー）が利用可能
• KAPA HyperCap FFPET DNAワークフローでは、分⼦バーコードKAPA Universal UMI （Unique Molecular Indexes）Adapterとライブラリー作製キットKAPA HyperPlus Kitを使用し、少量・低品質のFFPET DNAサンプルからでも精度の高いシーケンスを実現

 

 

 

図1. FFPE DNAサンプルをKAPA HyperCap OncologyPanelで使用したシーケンス結果

2つの臨床検体由来のFFPE DNAサンプル（低品質DNA）及び高品質FFPE DNAサンプル（Horizon™ HD789）のシーケンスメトリクスを比較した結果。いずれのサンプルからも10 ng FFPE DNAからライブラリを調製した。NextSeq™ 550システムでシーケンスし、10 M のHQフィルタークラスター（2 x 150 bp）にダウンサンプリングして解析を行った。 

左よりそれぞれ、% bp >100（100x以上のカバレッジで読まれた塩基の割合）、% bp in 0.5x – 2x of median（カバレッジの中央値の0.5x〜2x以内で読まれた塩基の割合）、% exon bp >300x（300x以上のカバレッジで読まれたエクソン領域の割合）、% error-free positions（エラーでない塩基の割合）。低品質なFFPETサンプルからもエラーが少なく（『Error-free position』 94%以上）、均一かつ深度の深いシーケンス(『%bp in 0.5x–2x of median』>92%かつ『% exon bp>300x』＞88％)が達成されていることが示されている。

 

10 ngのcfDNAからのディープシーケンスを実現

• 血漿サンプル由来のDNA（cell-free DNA, cfDNA）からの専用のプロトコール（KAPA HyperCap cfDNA ワークフロー）が利用可能
• KAPA HyperCap cfDNAワークフローのライブラリー作製にはKAPA HyperPrep Kitを使用し、分⼦バーコードKAPA Universal UMI Adapterによるディープシーケンスを実現

 

 

図2. cfDNAサンプルをKAPA HyperCap Oncology Panelで解析したシーケンス結果

健康なドナーの血漿から抽出したcfDNAまたはリファレンスDNA（SeraSeq®ctDNA Complete™ Reference Material AF0.5%）それぞれ10 ngからライブラリーを調製した。シーケンスには、NovaSeq™ 6000システムを使用し、1サンプルあたり5,000万個にフィルタリングしたクラスター（2 x 150 bp）を解析している。

左よりそれぞれ、% duplex recovery（二本鎖回復率）、GE recovery rate（genome equivalents(GE)回復率）、% exon bases >1000x（1000x以上のカバレッジで読まれたエクソン領域の割合）。わずか10 ngのcfDNAより、高いGE回収率を実現しながら、ディープシーケンスできている（% exon bases >1000x、97.5％以上）。

 

関連製品

KAPA HyperPlus Kits

KAPA Universal UMI Adapter

KAPA UDI Primer Mixes 1-384

KAPA HyperPure Beads

KAPA HyperCapture Reagent kit

KAPA HyperPrep kits

 

仕様

• ターゲットサイズ：214 Kb
• プローブ：120 bpビオチン化オリゴヌクレオチド
• プロープデザインファイルはページ下部の「技術資料」からダウンロードをお願いいたします。
• 保存温度：受領後–15℃～–25℃／溶解後–15℃～–25℃（※１）
• 使用期限は、ラベル記載に準ずる（製造より36か月  ※２）

※１
・KAPA HyperCap Oncology panelは凍結乾燥された状態で提供されます。

・溶解／再懸濁後にはプローブを1回ごとの使用量に分注し、-15℃～-25℃で凍結することをお勧めします。

 

※２ 

・2022年11月1日以降に製造されたものから適用され、外箱ラベルに36か月の使用期限が印字されます。

・それ以前に製造されたロットでは、外箱ラベル記載の使用期限を参照してください。