KAPA HyperCap SARS-CoV-2 panel

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COVID-19シーケンスに用いるKAPA HyperCapture用SARS-CoV-2 パネル

次世代シーケンスは、SARS-CoV-2ウイルスの動向をモニターし、変異ウイルスの流行把握、ウイルス系統分析など、多くの場面で活用され、COVID-19克服に向けた活動に貢献しています。
KAPA HyperCap SARS-CoV-2 Panelは、SARS-CoV-2 ゲノムに対してデザインされた、ハイブリダイゼーション法をベースにしたKAPA HyperCap Target Enrichment（TE）で使用するプローブです。本製品を使用することで、RNAサンプルよりSARS-CoV-2ウイルスゲノムを濃縮し、回収することができます。

特長

SARS-CoV-2リファレンスゲノム MN908947.3に対しデザインされたハイブリダイゼーションキャプチャー用プローブ
サイズ120 bpのビオチン化オリゴヌクレオチドで構成されています。
ターゲットサイズ~30 kbで、MN908947.3を100％カバーします。
その他GenBankに登録されている183種類についても、99.7％以上の領域をカバーします。
KAPAライブラリー作製キットと併せ使用します（『KAPA RNA HyperCap Workflow v1.0』に準拠）。

　KAPA RNA HyperPrep kit

　KAPA Universal Adapter

　KAPA UDI Primer Mix

　KAPA HyperCapture Reagent kit

　KAPA Probes Resuspension Buffer

　KAPA HyperPure Beads
マルチプレックスキャプチャー対応（最大16 プレックスまで実績あり）
内部コントロールとしてMS2 RNAを Spike-inした際に使用できるMS2 RNAターゲッティングプローブも含まれています。

わずか1000コピーで、SARS-CoV-2ゲノムの97%以上を1X coverageでカバー

ヒトRNA20 ngまたは100 ngに対し、図に示されたコピー数のウイルスを含むサンプルを使用し、KAPA RNAHyperPrepおよびKAPA SARS-CoV-2 Target EnrichmentPanelでライブラリーを作製した結果（n=3、0.5 millon cluster, 2 x 75 bp）。

1,000コピー以上あれば、ほとんどすべてのゲノム領域をカバーできた。また、バックグラウンド（ヒトRNA）の影響は小さいことが示された。

目的に応じてハイブリダイゼーション時間を1時間に短縮可能

ヒトRNA20 ngに対し、図に示されたコピー数のウイルスを含むサンプルを使用し、SARS-CoV-2ターゲット濃縮パネルに1時間または16時間ハイブリダイズさせた後に、HyperCapワークフローv3に従いライブラリーを作製した結果（n=3）。

SARS-CoV-2ゲノムに対する1Xカバレッジではハイブリダイゼーション時間短縮の影響はほぼ見られなかった。

20Xカバレッジでは、ウィルス量が多い場合にはハイブリダイゼーション時間による差は認められなかったが、ウイルス量が少ない場合ではハイブリダイゼーション時間短縮によるカバレッジ減少が観察された。

多様なSARS-CoV-2変異体の同定

6つの異なる変異を含むSARS-CoV-2ゲノム、合計1,000,000コピーを、20 ng（紺色）または100 ng（黄色）のヒトRNAに加え（※）、KAPA RNAHyperPrepキットと16時間のハイブリダイゼーションで処理した結果（n=3、1 million clusters, 2 x 75 bp）。
※変異多型が出現する頻度は1/6になるように調整されている。