エルフ
SageELF™
SageELFは、DNAサンプルをサイズ別に回収する電気泳動システムです。サンプル全て、またはサンプルの一部を12サイズに分画します。パルスフィールド電気泳動方式により、長鎖DNAサンプルにも対応
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(5)国立遺伝学研究所 比較ゲノム解析研究室のお客様
2019年6月24日
インプット量にかかわらず回収率が安定している
SageELFTMは、インプット量にかかわらず回収率が安定していることがわかりました。
この装置を使用することでマルチ・フラクショネーションが自動化されMate PairやIso-sequence解析用のライブラリが、より簡単に作成できるようになると思います。
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(5)沖縄科学技術大学院大学(OIST)DNAシーケンシングセクション 神田 美幸様
2019年6月24日
回収できるサイズが広範囲でかつ回収率が高く、サンプルを無駄にすること無く下流の実験へ進むことができます
SageELFTMは通常のゲル切り出し抽出に比べ大きく手間が省けるうえ、実験者の個人差が出ない点が良いと思います。
回収できるサイズが広範囲でかつ回収率が高く、サンプルを無駄にすること無く下流の実験へ進むことができます。
Illumina社Nextera Mate Pair Library kitでのライブラリ作製においては、タグメンテーションしたサンプルから複数のサイズ抽出が可能になります。
SageELFTMでの分画後、精製なしで次の反応に進める点(*)も時間短縮に貢献しています。
*日本ジェネティクス補足:Illumina社Nextera Mate Pair Library kitではPippin Prepが推奨されており、分画したサンプルを直接次のステップで使用しています。
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(5)自然科学研究機構 基礎生物学研究所 生物機能解析センター 山口 勝司様
2019年6月24日
より良いmate pairライブラリーが再現良く作製できることが期待できる
Short readシーケンサーのリードからゲノムアセンブルを行う場合、様々なサイズのmate-pair libraryの構築は良好なアセンブル結果を得るために非常に重要である。
SageELFTMでの分画を用いたmate-pair libraryは2k-20k程度の範囲で、各サイズごとシャープなサイズ分布のライブラリーを得ることができ、シーケンスの結果も極めて高い率でIn Mate Pair orientationの配列を得ることができていた。
分画の細かさによりサイズ境界の回収率が低下する点が見られたが、ライブラリー作製サイズを調整することで、より良いmate pairライブラリーが再現良く作製できることが期待できる。