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ブルーピッピン

Name: ブルーピッピン
Brand: Sage Science
Rating: 5 (11 reviews)

（BluePippin）

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製品概要

特長

次世代シーケンサー用DNAフラグメント調製に最適！

●煩雑なマニュアルでのゲル抽出操作が不要となり、実作業時間の短縮を実現します。
●より狭い分布のDNA断片の抽出が可能です。
●低分子DNAのコンタミを減少させることで、無駄なリードや不明瞭な判定を減らし、シークエンス効率がアップします。
●ゲルカセットの各レーンが独立しているため、泳動中の拡散によるサンプル間のコンタミリスクが発生しません。
●メーカー保証期間：　２年間

Pippinシリーズが有用な次世代シークエンスアプリケーション

●ペアエンドシークエンスライブラリー作製
●ChiP-Seqライブラリー作製
●miRNAライブラリー作製
●メイトペアシークエンスライブラリー作製

ゲルカセット各種

ゲルカセット	目的のサイズレンジ
3.0% アガロース	100bp - 250bp
2.0% アガロース	100bp - 600bp
1.5% アガロース	250bp - 1.5kb
0.75% アガロース	1kb - 18kb

▶▶ BluePippin専用ゲルカセット・DNAコントロールキット・試薬キット

製品を使用されたお客様の声

『miRNA Seqのライブラリー調製では、アダプターが付与された140bp付近のライブラリー産物のみを回収する必要があります。しかし、近接するサイズに未反応のアダプターやアダプターダイマーなど複数の産物が混在するため、目的サイズのみの単離・回収が非常に難しい工程でした。
私が使用しているmiRNA Seqキットでは、BluePippinを用いた単離・回収が推奨されていたこともあってデモ機をお借りしてサイズセレクションを行ってみました。
その結果、目的のサイズ域がきれいに精製され、量も確保できまして、無事にシーケンスができました。miRNA sequencingを行う際にはBluePippinが必須になるのではと考えております。』
（国内製薬企業研究者様より）

※その他、国内実績多数ございます。「アプリケーションノート」タブよりご覧ください。

参考文献

①
Naomi Park* et al,
An improved approach to mate-paired library preparation for Illumina sequencing,
Methods in Next Generation Sequencing. Volume 1, Pages 10–20, ISSN (Online) 2084-7173, DOI: 10.2478/mngs-2013-0001, July 2013

*Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, UK.
「Illumina社次世代シーケンシングにおけるメイトペア・ライブラリー調製法の改良」

この論文のリンク先はこちらになります。このページから直接ダウンロードできます。

②
Modified Mate-Pair Protocol Lowers Cost, Boosts Library Yield
著者である理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センター（CLST）分子配列比較解析ユニット
工樂樹洋様よりコメントを頂戴しました。
「コストがかかり不安の多いメイトペアライブラリ作成の負担を軽減するプロトコールを提案。
サイズセレクションにはBluePippinを使用。」

【関連製品】（Sage Scienceのウェブサイトへリンクします）
●本製品用アガロースゲルカセットの詳細はこちら
●回収DNAフラグメントサイズ 100bp - 1.5kb の Pippin Prep の詳細はこちら

【関連情報】（Sage Scienceのウェブサイトへリンクします）
●Pippin family のアプリケーションとプロトコルはこちら
●PacBioユーザー様向け情報はこちら

保証延長サービス

当製品は保証期間を一年単位で延長するサービスをご利用いただけます。

詳細は下記をご覧ください。

▶▶　保証期間延長サービス

仕様

仕様	BluePippin	Pippin Prep
泳動方式	定電圧電気泳動パルスフィールド電気泳動	定電圧電気泳動
泳動時間（目安）（目的サイズによって異なります）	30分～10時間	50分～3時間
最大サンプル添加量	5μg（断片化gDNA）	5μg（断片化gDNA）

本体仕様	BluePippin	Pippin Prep
使用電源	100-240V（Constant） 2.5A / 50-60Hz
蛍光検出	励起波長：470nm	励起波長：535nm
蛍光検出	検出波長：525nm	検出波長：640nm
寸法	W 280 x D 530 x H 180mm
重量	7kg

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製品によってはサンプルのご用意が無い場合もございます。予めご了承ください。

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月曜～金曜（土日祝日除く）14:30迄に販売店様よりご注文いただき弊社倉庫に在庫がある場合、基本的には当日出荷させていただきます。
弊社倉庫に在庫がない、もしくは何らかの事情で当日出荷ができない場合は、弊社よりご注文いただいた販売店様へ納期のご連絡をさせていただきます。
※冷凍品（-20℃）に関しては、原則として休前日（金曜日など）の出荷を行っておりませんのでご了承ください。（一部販売店様向けを除く）

CatNo.	概要	単位	価格	在庫
BLU0001	BluePippin本体　（17インチモニター、キーボード、マウス付属）	1

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製品カタログ

FAQ

トラブル シュートライブラリー増幅後に、3.0% ゲルカセット、Internal Standard Q3（マーカー）を使用して分画および回収を試みましたが、マーカーが検出されませんでした。どのような原因が考えられますか？: 泳動前に精製が行われていることをご確認ください。弊社の経験として、ライブラリー増幅後に未精製のまま泳動をしたことが原因でInternal Standard（マーカー）の検出ができなかった事例がございます。この場合、泳動時にプライマーやアダプターのダイマーがInternal Standard（マーカー）と干渉してしまい、マーカーのピーク検出を妨げたと考えられます。

トラブル シュート 泳動後に「Current leakage test failed」というメッセージが表示されます。 どうしたらよいでしょうか？: 電極が劣化しているので、修理が必要です。弊社までご連絡ください。
一般的な電気泳動槽の電極と同様で、本装置の電極も消耗部品となります。
使用回数とメンテナンス状況により、電極線が断裂したり、電極に泳動バッファーの
塩が蓄積して電極間でブリッジを形成する場合があります。
特にパルスフィールド電気泳動は電極への負荷が大きいため、ソフトウェアv6.30以降は
パルスフィールド泳動後の電極劣化のチェック機能が追加され、エラーメッセージが表示されるようになりました。

使用方法・ 技術的内容 長鎖DNAの抽出で、High-Pass プログラムを使用しています。 どのくらい少ないDNA量で使用できるでしょうか？ また回収率はどのくらいでしょうか？

High-Pass プログラムでは、インプットDNA量は数μgが望ましいですが、
少なくとも500ng以上を推奨しています。

ただし、回収率はインプットDNA中にターゲットサイズがどの程度含まれているかに依存します。
そのため適切なインプットDNA量やターゲットサイズの回収率を見積もるためには、
あらかじめインプットDNAの分布を適切な手法で確認することが重要です。
DNA分布の確認は、Pippin PulseやCHEF-Mapperなどのパルスフィールド電気泳動で実施いただくことをお勧めします。
TapeStationやBiopanalyzerなどのマイクロ流路型電気泳動ではスメアDNAを
泳動した場合に、テーリングが発生して存在しない高分子が検出されることがありますので、お勧めできません。

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この製品に関するFAQ一覧

レビュー

5 11件のレビュー

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5.0

2019年06月10日

長鎖DNA断片を効率的にシーケンスすることができた

BluePippinを用いたサイズセレクションにより、短いリードを取り除くことができ、サイズセレクションしていないサンプル（no data）と比較して、長鎖DNA断片を効率的にシーケンスすることができた。

（日本ジェネティクスより）
こちらのお客様の事例（アプリケーションノート）は下記よりダウンロードしてご覧頂けます。

「MinIONライブラリ調製におけるBluePippinを用いたサイズセレクション」
⇒　ダウンロードはこちら

慶應義塾大学　先端生命科学研究所　荒川和晴様

5.0

2019年06月10日

BluePippinの使用によってより長鎖のDNA断片を効率的にシークエンスすることが出来た

ヒト疾患遺伝子の構造変異を詳細に調べるには、ターゲット遺伝子の全長をカバーする情報が必要である。
長鎖リードが可能であるPacBioシークエンサーの特徴を生かして臨床サンプルのDNAを解析するには、高分子DNAの分画濃縮が重要なポイントになるが、
BluePippinの使用によってより長鎖のDNA断片を効率的にシークエンスすることが出来た。

（日本ジェネティクスより）
こちらのお客様の事例（アプリケーションノート）は下記よりダウンロードしてご覧頂けます。

「BluePippinを用いた長鎖ライブラリーのサイズセレクションによるPacBioシークエンス長の改善」
⇒　ダウンロードはこちら

国立がん研究センター研究所がんゲノミクス研究分野新井康仁様

5.0

2019年06月10日

再現性も高く良好な結果でした

MatePair 8kb用のDNA抽出で検討しましたが、再現性も高く良好な結果でした。
マニュアルでの手間を考えると、BluePippinでのゲル抽出自動化はNGSライブラリー作製でメリットがあると考えます。
これからいろいろなサンプルで活用していきたいと思います。

（日本ジェネティクスより）
こちらのお客様の事例（アプリケーションノート）は下記よりダウンロードしてご覧頂けます。

「BluePippinを用いた8kb長鎖DNA断片抽出の検討」
⇒　ダウンロードはこちら

宮崎大学　医学部医学科　感染症学講座微生物病学分野　小椋義俊様

5.0

2019年06月10日

私たちのプロトコルではBluePippinによるサイズセレクションは不可欠なステップになっています

PacBioは非常に長いシークエンスを得られますが、この長所を生かすにはインサートの長いライブラリを作成することが必要です。
BluePippinは、短いライブラリを除去し、長いライブラリのみを回収するのに非常に有用であり、シークエンス結果も良好です。
現在、私たちのプロトコルではBluePippinによるサイズセレクションは不可欠なステップになっています。

（日本ジェネティクスより）
こちらのお客様の事例（アプリケーションノート）は下記よりダウンロードしてご覧頂けます。

「BluePippinを用いたライブラリの長鎖（＞7kb）サイズセレクションによるPacBioシークエンス結果の改善効果」
⇒　ダウンロードはこちら

自然科学研究機構　基礎生物学研究所生物進化研究部門　柴田朋子様

5.0

2019年06月10日

BluePippinを用いることで、実作業時間が大幅に短縮できました

Nextera Mate Pair Library のサイズセレクションでBluePippinを使用しました。
今まではマニュアル操作でゲル抽出を行っていましたが、作業が煩雑で手間と時間がかかり困っていました。
BluePippinを用いることで、実作業時間が大幅に短縮できました。
抽出できたDNA量は少なめでしたが、問題無く使用でき、解析でMate Pairの効果も得られ、scaffold数を大幅に減らせました。
今回マニュアル抽出との同時比較はしていませんが、データ解析の結果も十分なものが得られ、遜色無いと判断できました。
作業効率と精度を考えると、BluePippinでの自動化は効果的だと思いました。

（日本ジェネティクスより）
こちらのお客様の事例（アプリケーションノート）は下記よりダウンロードしてご覧頂けます。

「Nextera Mate Pair ライブラリー調製における長鎖（8kb）サイズセレクション」
⇒　ダウンロードはこちら

宮崎大学医学部医学科感染症学講座微生物病学分野小椋義俊様、後藤恭宏様

5.0

2019年06月10日

ヒト組織でのシークエンス長を大きく改善することが出来た

PacBioによるlong read性能を活かしてゲノムシークエンスを行うには、長鎖DNAを濃縮したライブラリーを作製することがキーとなる。
BluePippinでの正確な分画により、ヒト組織でのシークエンス長を大きく改善することが出来た。

（日本ジェネティクスより）
こちらのお客様の事例（アプリケーションノート）は下記よりダウンロードしてご覧頂けます。

「PacBio長鎖ライブラリーの（≧7kb）サイズセレクションの効果検証（サイズ分布およびシークエンス結果の比較）」
⇒　ダウンロードはこちら

国立がん研究センター研究所がんゲノミクス研究分野新井康仁様

5.0

2019年06月10日

PGMの能力を十分活用するためには必須だと思います

Ion Torrent PGMのシークエンステンプレート調製におけるエマルジョンPCRはライブラリーのインサート長に非常に敏感で、短い断片が混入したり、インサート長が指定より長い場合に目的のライブラリー分子が正しく増幅されず、期待通りのシークエンス結果が得られないことがあります。
PippinPrepによる正確なサイズ分画はPGMの能力を十分活用するためには必須だと思います。最新の400bpシークエンスでもよい結果がでています。

（日本ジェネティクスより）
こちらのお客様の事例（アプリケーションノート）は下記よりダウンロードしてご覧頂けます。

「Ion Torrent PGM用ライブラリー調製における正確なサイズセレクションの有用性」
⇒　ダウンロードはこちら

沖縄科学技術大学院大学 DNAシーケンシングセクション小柳亮様

5.0

2019年06月10日

ゲル切出しよりも大幅な作業時間の短縮を可能にしてくれます

PippinPrepはC社抽出装置よりも回収率は約3割高くなり、抽出サンプルの回収純度および効率が非常に良かった。
ゲル切出しよりも大幅な作業時間の短縮を可能にしてくれます。
得られるDNAサイズの再現性も高く、安定したシーケンシングが大いに期待できます。

（日本ジェネティクスより）
こちらのお客様の事例（アプリケーションノート）は下記よりダウンロードしてご覧頂けます。

「NGSライブラリーRNA断片の再現性高いサイズセレクション」
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理化学研究所オミックス基盤研究領域の受託解析サービス（GeNAS）樽井先生

5.0

2019年06月10日

精度と再現性が高かった

PippinPrepで分画したライブラリーの方が、精度と再現性が高かった。
機器操作も非常にシンプルで直感的に使用できるのが良い。

（日本ジェネティクスより）
こちらのお客様の事例（アプリケーションノート）は下記よりダウンロードしてご覧頂けます。

「次世代シーケンス用DNA断片の再現性高いサイズセレクション（C社との比較）」
⇒　ダウンロードはこちら

独立行政法人製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンターバイオ安全技術課様

5.0

2019年06月10日

総解読量（total bases）の向上に効果的と考えられます

PippinPrepで高分子DNAを除去する事により、リード数（passed filter wells)と平均リード長が向上しました。
コントロールビーズのシーケンス結果を考慮しても、PippinPrepでの高分子除去は、総解読量（total bases）の向上に効果的と考えられます。

（日本ジェネティクスより）
こちらのお客様の事例（アプリケーションノート）は下記よりダウンロードしてご覧頂けます。

「高分子DNA除去によるリード数の向上」
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独立行政法人国立国際医療研究センター肝炎・免疫研究センター杉山真也様

5.0

2019年06月10日

PacBio RS IIの最新標準プロトコールとなっているBluePippinによるサイズセレクションは長いリードを得るために必須であり、実際に非常に効果的であった

BluePippinによるサイズセレクションによって短いライブラリが除去でき、平均リード長 (Subread) がサイズセレクションなしと比べて、≧4kbでは2.6倍、≧7kbでは3.3倍に伸長した。
また、≧7kbのリードの割合は、サイズセレクションなしでは5%、≧4kbでは38%、≧7kbでは51%となり、長いリードの割合が増加した。
さらにセルあたりのデータ量は、サイズセレクションなしと比べて、≧4kbでは1.5倍、≧7kbでは1.9倍に増加した。
これらの結果から、PacBio RS IIの最新標準プロトコールとなっているBluePippinによるサイズセレクションは長いリードを得るために必須であり、実際に非常に効果的であった。

（日本ジェネティクスより）
こちらのお客様の事例（アプリケーションノート）は下記よりダウンロードしてご覧頂けます。

「PacBio RS II・P5-C3ケミストリーでの長鎖ライブラリー調製」
⇒　ダウンロードはこちら

一般社団法人　沖縄綜合科学研究所のお客様