- お客様事例
自動DNA断片ゲル抽出装置SageELF™の実用例（1）PacBio Iso-Seq用ライブラリ作製への適用
沖縄科学技術大学院大学（OIST）DNAシーケンシングセクション
山崎 慎一 様
お客様のコメント
SageELF™は通常のゲル切り出し抽出に比べ大きく手間が省けるうえ、実験者の個人差が出ない点が良いと思います。
回収できるサイズが広範囲でかつ回収率が高く、サンプルを無駄にすること無く下流の実験へ進むことができます。
また所要時間は回収したいフラクションの数に影響されないため、その数が大きくなるほど他の手法に比べて作業効率が良くなります。
加えて、1つのサンプルから複数のサイズフラクションが得られるためサンプルの無駄が少なく、Iso-Seqにおいては必要なPCRサイクル数が最小限に抑えられます。
概要
【Cat.No. ELF0001】
PacBio RS II は、他のシーケンサに比べて長いリードを得られるという特徴があり、その平均リード長は一般的なmRNA の長さを超えている。
これまで mRNA の配列決定は、断片化後にシーケンスし、アセンブルにより断片化前の配列に復元を試みる手法が一般的であったが、PacBio RS II のロングリードを生かすことで、断片化していない mRNA 全長を 1 リードで読みきり、アセンブルすることなく配列を決定する Iso-Seq という手法が用いられるようになった。
しかしながら PacBio RS II は、より短いライブラリを優先的にシーケンスしてしまうという特徴も有しているために、効率良くデータを得るには事前のサイズ分画が必要となる。
今回、一度の操作で複数の異なるサイズフラクションを得ることができる SaegELF™を用いて Iso-Seq ライブラリのサイズ分画を行い、その回収率や得られるシーケンスデータの確認を行った。
