シャローショットガンメタゲノムシーケンス（SSMS）

Shallow Shotgun Metagenome Sequencing

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■サービス概要

2 Gb以下と比較的少ないデータ量で、16Sアンプリコンシーケンスとディープメタゲノムシーケンスの橋渡しとして用いられる、費用対効果の高いサービスです。

16Sアンプリコンシーケンスと比較してPCRバイアスが無く、増幅領域に制限されないため、種レベルの分類学的プロファイリングや細菌叢機能の解析において、精度が向上しています。

SSMSと16Sアンプリコンシーケンスの選択ガイド

SSMSがアンプリコンシーケンスより良い場合
PCRバイアスが少なく、小さな領域ではなく全ゲノムをシーケンスするので、異なる分類法の違いについて理解を深めたい時真菌対バクテリア、真核生物対バクテリアなど、同一サンプルで異なる分類法を比較したい時
アンプリコンシーケンスがSSMSより良い場合
量が少ないサンプルやホストの汚染が多いサンプルで、PCR増幅有効な時研究対象がPCR増幅で発見できる可能性のある不明瞭な分類群の時

SSMSにおけるデータ量の選択ガイド

1Gb = 宿主DNAの混入が非常に少なく、微生物の存在量が多いサンプルの場合
例）健康な人/動物の正常な糞便由来のサンプル
2Gb = 宿主のコンタミ度合い、微生物の存在割合が不明なサンプルの場合
例）ヒトのGIサンプルの場合、口腔内のスワブサンプル、または不健康な人の便由来サンプル

■サービス仕様

本サービスは、ライブラリ調製+シーケンス+データ解析のセットメニューになります。

■ライブラリ調製方法

■サンプル要件

※ヒト/動物の消化器官系（GI）および糞便由来で、ホストのDNAの混入が50%以下のものに限る

■納期

■データ解析