完全長16Sアンプリコンシーケンス
■サービス概要
一分子リアルタイムシーケンス（Single-molecule real-time sequencing：SMRT Sequencing）を用いて、全長16S遺伝子メタゲノムシーケンス解析を行うサービスです。
PacBio Sequelを用いたロングリードシーケンスを行うことで、ショートリードシーケンスの影響による解析遺伝子の分断に対するソリューションおよび、マイナーな超可変領域カバーすることが可能となりました。
種レベルでの細菌叢解析をご希望の方に、ご紹介できるサービスとなっております。
■サービス仕様
- シーケンシング：PacBio Sequel（CCSモード）
- 納品データ：BAMファイル
- 納品方法：データダウンロード（100 Gb未満）/HDD納品（100 Gb以上）
■ライブラリ調製方法
- SMRTbell Express Template Prep Kit
■サンプル要件
- サンプルの状態：Genomic DNA
- サンプル量：150 ng以上
- 濃度：10 ng/µL 以上
- 液量：15 µL以上
- 純度：OD260/280 = 1.8～2.0
サンプルの分解、RNA・タンパク質のコンタミがないこと
■納期
- サンプルQC後 6週間 （解析なしの場合）
■データ解析（オプション）
- データ品質管理：プライマー除去、キメラ濾過、デノイズASV
- 分類学的解析：分類学アノテーション、分類学レベルごとのバープロット
- アルファ多様性解析：アルファ多様性指標、アルファ希少度、アルファ群有意性
- ベータ多様性解析：β多様性指標、β群有意性、主座標分析（QIIME2）
- 統計学とプロット：配列レベルでの存在量差、分類学レベルでの存在量差、ベン分析（MetaStats等）
納品データ見本は＞＞こちら