シングルセルシーケンス
■サービス概要
10x Genomics社のChromium Systemおよび、Illumina次世代シーケンシングプラットフォームを用いることで、シングルセルシーケンスのソリューションを提供いたします。
本サービスでは、数百から数万個の細胞遺伝子発現プロファイルを個々の細胞で解析することが可能となります。
■サービス仕様
- シーケンシング：NovaSeq 6000/PE150
- 納品データ：fastqファイル形式
- 納品方法：データダウンロード（100 Gb未満）
■ライブラリー調製方法
- 10xGenomics Chromium Systemを用いてシングルセル化
- Chromium Single Cell 3’ Kitによる逆転写およびライブラリー調製
■サービスの流れ
本サービスは事前面談が必須となっております。お気軽に、弊社までお問い合わせください。
また、サービスの流れについては、下図をご参照ください。
■サンプル要件
培養細胞株もしくは組織から調製された、シングルセル状態の細胞/懸濁液の状態でご用意ください。
- 細胞数：700～1,200 cells/µL、Total細胞数 10^4 cells以上＊
- 細胞生存率：>90%推奨（最低でも>80%）
- 細胞直径： 40 µm 以下
＊実際にシーケンスされる細胞数は ～8,000 cells程度
■データ解析
Cell Ranger解析（パッケージに含まれる）
デマルチプレクス、サマリーメトリクス（シーケンスの品質、検出された細胞数、細胞あたりの平均リード数、細胞あたり検出された遺伝子の中央値など）、ゲノムへのアライメント、遺伝子発現の定量化、発現プロファイルが類似している細胞をグループ化するクラスタリング解析、クラスタ間の発現差解析可視化
標準解析（オプション）
- デマルチプレクス、シーケンスデータの処理と品質管理、ゲノムとのアライメント、細胞のコールとUMIのカウント、品質管理サマリーメトリクス（Cell Ranger/STAR）
- 高変性遺伝子（HVGs）の同定、細胞サブポピュレーション同定、主成分分析（PCA）、細胞のクラスター同定、次元削減と可視化、マーカー遺伝子検出（クラスター間差分発現解析）（Seurat）
- 各種エンリッチメント解析（GO、KEG、パスウェイ、リアクトーム）、転写因子の機能アノテーション、蛋白質間相互作用ネットワーク解析（Cluster Profiler等）
■納期
- シングルセル調製後 8週間～ （解析なしの場合）