ロングリードDNAシーケンス（PacBio）

PacBio SequelⅡ DNAサンプル

 

 

 

PacBio SequelⅡ を使用した各種シーケンスメニューをDNAサンプルで送付いただき、ライブラリー調製からシーケンスリードまで受託いただくサービスです。

 

■サービス仕様

• シーケンサー：PacBio SequelⅡ_CCS Mode（HiFi）
• 納品データ：BAMファイル形式
• 納品方法： HDD納品

本サービスは、Cellを買い取っていただき、シーケンスを行うサービスとなります。

相乗りシーケンスは対応できません。

 

【取得データ量について】

以下データ量は、Polymerase Read Bases（シーケンスされたすべてのベース数）での表記となります。

また、サンプルの状態、生物種によっても取得できるデータ量は異なりますので、参考値であることご留意ください。

• CCS Mode：Hi-Fiリード15-25 Gb（Polymerase Read 300 Gb以上）

 

■サンプル要件

ライブラリー調製に使用するKitをご確認の上、下記条件のDNAをご準備ください。

GQNは40 kb以上を基準にしており、2.0の場合は全体の20％以上のDNAが40 kb以上であることを示します。

 

■納期

• 解析なし：6週間前後
• 解析あり：解析なしの6週間前後に加えて、以下の解析期間を要します。
  　　　　　・De novo Assembly：ゲノムサイズに依存します。
  　　　　　・バクテリア：+1週間程度
  　　　　　・真核生物（ゲノムサイズがGb単位の場合）：+1～2ヶ月程度
  　　　　　・SV解析：+1～2週間程度

 

■データ解析

• データ解析1（De novo Assemble）
• データ解析2（Gene Prediction/Annotation）
• データ解析A（Mapping、Variant call）
• データ解析B（SV/CNV）

※データ解析２を実施する場合、データ解析1の実施が必須となります。

※データ解析Aは、CCS mode（Hi-Fiリード）のみ対応です。

※データ解析Bを実施する場合、データ解析Aの実施が必須となります。

 

■デモレポート

De novo Assembly＋Annotationに関して以下をご参照ください。

• 真核生物
  PacBio De novo Eukaryote sample report

• 原核生物
  PacBio De novo Prokaryote sample report
• illuminaシーケンサーのデータと併せてエラー補正を行う場合^（＊）
  PacBio Error Correction sample report
  ＊こちらの解析をご希望の場合は、別途ご相談ください。

関連製品

• PacBio Sequel Ⅱ RNAサンプル
• PacBio Sequel Ⅱ バクテリア全ゲノムシーケンス（相乗りプラン）

 

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