Nanobind Ultra-Long Library Prep Kit （オックスフォードナノポア MinION、GridION、PromethION用）

Nanobind Ultra-Long Library Prep Kit

（0件）

Oxford Nanopore Technologies社と共同で開発したウルトラロングシーケンスに特化したライブラリー調製キット

お問い合わせはこちら

お知らせ

【注意事項】
使用可能なシーケンサーのモデルは、MinION、GridION、PromethIONの3機種です。
Oxford Nanopore MinION、GridION、PromethIONでのウルトラロングリードシーケンスを実施する際には、以下のキットが必要となります。
①サンプルタイプに応じたNanobind Big DNA Kit
細胞、全血、バクテリア用：Nanobind CBB Big DNA Kit
②Oxford Nanopore Ultra-Long DNA Sequencing Kit (#SQK-ULK001)

本製品は、Oxford Nanopore Technologies社と共同で開発したウルトラロングシーケンスに特化したライブラリー調製キットです。
本製品およびOxford Nanopore Ultra-Long Sequencing Kit(#SQK-ULK001)とNanobind Big DNA Kitを組み合わせて最適化されたプロトコール(*1)を使用することで、N50リード長を50～100 Kbに、データスループットをMinIONで10～20＋Gb、PromethIONで40～100＋Gbに向上することが可能です。さらに最大リード長では4 Mb＋を得ることも可能です。

*1  最適化されたプロトコール「Nanobind Library Prep - Ultra Long Sequencing Protocol」は本ページ技術資料に掲載しています。

 

Nanobind Library Prep - Ultra Long Sequencing ワークフロー


※クリックで拡大

  • Nanobind Ultra-Long Sequencingは、適切なNanobind Big DNA Kit (細胞、全血、バクテリア用/植物用/組織用)を使用した超高分子量(UHMW)DNA(50 Kb - 1+ Mb)の抽出から始まります。
  • Oxford Nanopore Ultra-Long DNA Sequencing Kitを用いてライブラリーを調製し、Nanobind UL Library Prep Kitを用いてクリーンアップを行います。
  • ライブラリーはOxford Nanopore MinION、GridION、またはPromethION装置でシーケンスすることができます。
  • Oxford Nanopore Flow Cell Wash Kitは、スループットを最大化するためにライブラリーの洗浄とリロードに使用します。

サンプルタイプ別キットセレクションガイド

Nanobind UL Library Prep KitにはUHMW DNA Aux Kitが付属しています。

このAux Kitは、Nanobind Big DNA Kitと組み合わせて使用し、UHMW DNA抽出を行います。


※クリックで拡大

超ロングシーケンス検証結果

N50リード長を50～100 Kbに、データスループットをMinIONで10～20＋Gb、PromethIONで40～100＋Gbに改善することが可能です。


※クリックで拡大

最長リード（4.2 Mb）データ

1～2+ Mbのリードが日常的に生成され、記録されるリードの長さが継続的に増加しています。

この方法を使って、2.4 Mb、2.9 Mb、そして最近では4.2 Mbの記録的なリードを生成しました。
大腸菌ゲノムのアセンブルにもこの方法が用いられています。（※下図参照）


※クリックで拡大

細胞株 HG02723でのシーケンスデータ

MinIONではN50リード長が96.8 Kb、トータル24.5 Gb、リード長100 Kb以上が11.9 GB、200Kb以上が4.7 GB

PromethIONではN50リード長が93.1 Kb、トータル129 Gb、リード長100 Kb以上が60.5 Gb、200Kb以上が20.3 Gb


※クリックで拡大

各種サンプルタイプによるシーケンスデータ


※クリックで拡大

データスループット改善データ

HG02723細胞から3Xライブラリーを調製し、MinlONとPromethlONでシーケンスを行いました。
左と中央の図は、時間経過に伴うスループットを示しています。
右の図は、シーケンシングと洗浄のステップにおいて、期待される高いポア占有率と高いポア回収率を示しています。


※クリックで拡大

従来プロトコール（緑）とUltra-Longプロトコール（青）のデータ比較

SRE + LSK109（Shafin et al Nat Biotech 2020）のリード長分布を見ると、超ロングリードのテールが大幅に太くなっています。
LSK109を用いたシーケンシングランでは、通常、200 Kb以上のデータはほとんど生成されないのに対し、ウルトラロングランでは、高いスループットを維持しながら、200 Kb以上のリードで10～20％のデータを生成することができます。


※クリックで拡大

 

関連製品

仕様

キット構成内容

CatNo. NB-900-601-01
製品名 Nanobind UL Library Prep Kit
入数 6回用

構成内容


 BOX1：Nanobind UL Library Prep Kit
Nanobind Disks(6)
Buffer NAF(3.3 mL)
Buffer WAF(13.2 mL)
Buffer EB+(10 mL)
BOX2：UHMW DNA Aux Kit
10x Buffer DNA(10 mL)
Proteinase K(0.25 mL)
RNase A(0.25 mL)
Buffer CLE3(0.45 mL)
Buffer ULL(5 mL)
Buffer CS(0.5 mL)
 
タブのトップに戻る
お問い合わせはこちら