16s/18s/ITSシーケンス
■サービス仕様
- シーケンシング：illumina NovaSeq 6000/PE250
- 納品データ：fastqファイル形式
- 納品方法：データダウンロード（100 Gb未満）
■データ量（tags）について
tagはペアエンドで読んだときにオーバーラップさせ1本としてカウントします。
ただし、tagとreadの間に直接的な変換関係はありません。委託先の経験からは、以下の値となりますので、ご参照ください。
- 50k tags ≒ 0.2M reads
- 100k tags ≒ 0.4M reads
■ライブラリー調製方法
- NEBNext® Ultra™ DNA Library Prep Kit
■プライマー
| Target | Region | Fragment Length |
Primer sequence |
|---|---|---|---|
| Bacterial 16S | V4 | 292bp | 515F：GTGCCAGCMGCCGCGGTAA 806R：GGACTACHVGGGTWTCTAAT |
| V3-V4 | 466bp | 341F：CCTACGGGRBGCASCAG 806R：GGACTACNNGGGTATCTAAT |
|
| V4-V5 | 393bp | 515F：GTGCCAGCMGCCGCGG 907R：CCGTCAATTCMTTTRAGTTT |
|
| Archaeal 16S | V4-V5 | 396bp | Arch519F：CAGCCGCCGCGGTAA Arch915R：GTGCTCCCCCGCCAATTCCT |
| V8 | 272bp | 1106F：TTWAGTCAGGCAACGAGC 1378R：TGTGCAAGGAGCAGGGAC |
|
| Fungal 18S | 18S V4 | 350bp | 528F：GCGGTAATTCCAGCTCCAA 706R：AATCCRAGAATTTCACCTCT |
| 18S V9 | 200bp | 1380F：CCCTGCCHTTTGTACACAC 1510R：CCTTCYGCAGGTTCACCTAC |
|
| Fungal ITS | ITS1 (ITS1-5F) |
307bp | ITS5-1737F：GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG ITS2-2043R：GCTGCGTTCTTCATCGATGC |
| ITS2 | 386bp | ITS3-2024F：GCATCGATGAAGAACGCAGC ITS4-2409R：TCCTCCGCTTATTGATATGC |
■サンプル要件
- DNA量：200 ng以上
- 濃度：10 ng/µL以上
- 液量：20 µL以上
- 純度：OD260/280 = 1.8～2.0以上
DNAの分解、RNAのコンタミがないこと
※本サンプル要件に記載されているサンプル量は、最低量となります。
記載のサンプル量の2倍の量が推奨量となります。
■納期
- サンプルQC合格後30営業日
【データ解析（オプション）】
■16s/18s/ITSシーケンス（データ解析あり）
- 納品データ見本は＞＞こちら
■クリーンデータ
クリーンデータ（CatNo. NV-CLEAN）をご依頼いただくと、以下の作業を行います。
- オーバラップやアダプターダイマー等により、読み取ったアダプター配列の除去
- 低質リード（Qphred ≦ 5の塩基数が全体リードの50%以上を占めるリード）の除去
※Qphred=-10log10（e）塩基配列識別の正確性を示す単位 - 塩基配列不明（N）が10％を超えるリードの除去
＊クリーンデータ後のデータは、fastqファイル形式となります。
＊クリーンデータ前後のデータ両方を納品させていただきます。