微生物全ゲノムシーケンス
■サービス仕様
- シーケンシング：NovaSeq X Plus
- 納品データ：fastqファイル形式
- 納品方法：データダウンロード（100 Gb未満）
■ライブラリー調製方法
- NEBNext® Ultra™ DNA Library Prep Kit
■PCR-freeのメリットとデメリットについて
PCR-freeのメリット
- PCRエラーやバイアスを無視できる。
- Duplication Rateが低く、ターゲット領域で、均一なカバレッジが得られることが期待できる。
PCR-freeのデメリット
- お送りいただくDNA量が多く必要となる
PCRありの場合：300 ng以上（最低量）
PCRフリーの場合：1.5 µg以上（最低量）
対して、PCRありの場合は、PCRエラーの影響を受ける可能性がありますが、PCR-freeよりも、少量のサンプル量からご依頼いただくことが可能です。
詳細については、サンプル要件の項をご確認ください。
■サンプル要件
＜微生物全ゲノムシーケンス＞
- DNA量：300 ng以上
- 濃度：15 ng/µL以上
- 液量：20 µL以上
- 純度：OD260/280 = 1.8 ~ 2.0
DNAの分解、RNAのコンタミがないこと
＜微生物全ゲノムシーケンス（PCR-free）＞
- DNA量：1.5 µg以上
- 濃度：10 ng/µL以上
- 液量：20 µL以上
- 純度：OD260/280 = 1.8 ~ 2.0
DNAの分解、RNAのコンタミがないこと
※本サンプル要件に記載されているサンプル量は、最低量となります。
記載のサンプル量の2倍の量が推奨量となります。
■納期
＜微生物全ゲノムシーケンス＞
- サンプルQC合格後30営業日
＜微生物全ゲノムシーケンス（PCR-free）＞
- サンプルQC合格後20営業日
【データ解析（オプション）】
■MBWGデータ解析
■クリーンデータ
クリーンデータ（CatNo. NV-CLEAN）をご依頼いただくと、以下の作業を行います。
- オーバラップやアダプターダイマー等により、読み取ったアダプター配列の除去
- 低質リード（Qphred ≦ 5の塩基数が全体リードの50%以上を占めるリード）の除去
※Qphred=-10log10（e）塩基配列識別の正確性を示す単位 - 塩基配列不明（N）が10％を超えるリードの除去
＊クリーンデータ後のデータは、fastqファイル形式となります。
＊クリーンデータ前後のデータ両方を納品させていただきます。