動植物全ゲノムシーケンス
■サービス仕様
- シーケンシング：Novaseq X Plus
- 納品データ：fastqファイル形式
※ Read1とRead2それぞれ作成されますので、1サンプルにつき2つのファイルを納品いたします。 - 使用できるライブラリ調製キット
・TruSeq Nano DNA High Throughput Library Prep Kit
・TruSeq DNA PCR Free Kit -
取得合計データ量が100 G base 未満の場合は、基本はクラウド納品となります。
取得合計データ量が110 G base 以上になった場合は、HDDでの納品となります。
なお１サンプルのデータ量が90 G base 以上を超えた場合は、合計データ量とは関係なくHDDでの納品となります。
■PCR-freeのメリットとデメリットについて
＜PCR-freeのメリット＞
- PCRエラーやバイアスを無視できます。
- Duplication Rateが低く、ターゲット領域で、均一なカバレッジが得られることが期待できます。
＜PCR-freeのデメリット＞
- お送りいただくDNA量が多く必要となります。
対して、PCRありの場合は、PCRエラーの影響を受ける可能性がありますが、PCR-freeよりも、少量のサンプル量からご依頼いただくことが可能です。詳細については、サンプル要件の項をご確認ください。
■サンプル要件
＜PCRありの場合＞
- DNA量：0.1 µg以上
- DIN値：7以上
＜PCR Freeの場合＞
- DNA量：1 µg以上
- DIN値：7以上
※ Sample QC（Quality Check）の際に、Sampleを2-3 µL使用します。
Sample Volumeは、余裕をもってご準備ください。
■対応できる解析メニュー
- WGS Non-Human SNP Analysis
■納期
- サンプルQC合格後4～6週前後