原核生物RNAシーケンス

原核生物RNAシーケンス

 

■サービス仕様

• シーケンシング：NovaSeq X Plus
• 納品データ：fastqファイル形式
• 納品方法：データダウンロード（100 Gb未満）

 

■ライブラリー調製方法

　Ribo-Zero にて、rRNAを除去した後に、 NEBNext Ultra Directional RNA LP Kitでストランド特異的ライブラリーを調製します。

 

■サンプル要件

• RNA量：500 ng以上（total RNA）
• 濃度：50 ng/µL以上
• 液量：10 µL以上
• RIN値：6.0 以上
• 純度：OD260/280 = 2.0以上
  　　　OD260/230 = 2.0以上
  RNAの分解、DNAのコンタミがないこと

※本サンプル要件に記載されているサンプル量は、最低量となります。

　記載のサンプル量の2倍の量が推奨量となります。

 

■納期

• サンプルQC合格後20営業日

 

 

【データ解析（オプション）】

 

■標準データ解析

• 解析メニューは＞＞こちら
• 納品データ見本は＞＞こちら

 

■クリーンデータ

クリーンデータ（CatNo. NV-CLEAN）をご依頼いただくと、以下の作業を行います。

 

1. オーバラップやアダプターダイマー等により、読み取ったアダプター配列の除去
2. 低質リード（Qphred ≦ 5の塩基数が全体リードの50%以上を占めるリード）の除去
   ※Qphred=-10log10（e）塩基配列識別の正確性を示す単位
3. 塩基配列不明（N）が10％を超えるリードの除去

 

＊クリーンデータ後のデータは、fastqファイル形式となります。

＊クリーンデータ前後のデータ両方を納品させていただきます。

NGS受託解析サービスのお問い合わせ・お見積りは＞＞こちら＜＜から承ります。