Apostle MiniMax™ cfDNA

特長

• 高収率：さまざまなタイプの採血管から高収量でcfDNA抽出
• 高再現性：他社製品より高いcfDNA収量を安定したデータで提供
• 高精製度：高い回収率を維持しつつPCR阻害物質を除去精製
• 大容量対応：最大5 mLサンプルからのcfDNA抽出に対応
• 簡便な実験：磁性ビーズによるcfDNA抽出ワークフロー
• 自動化：抽出自動化に適した磁性ビーズ式

概要

１）高収率：さまざまなタイプの採血管から高収量でcfDNA抽出

（図1）　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　（図2）

各社抽出キットによる各採血管に保存された血漿からのcfDNA収量およびサイズの比較

Apostle MiniMax™、他社カラム式製品（Kit A）および他社ビーズ式製品（Kit B）を使用して、cfDNA用採血管（cfDNA tube 1、2）およびEDTA採血管（EDTA collection tube）で保存された血漿1 mLからcfDNA抽出を行いました。
cfDNA定量は、Quant-iT PicoGreen dsDNA assay kit (Thermo Fisher Scientific) を使用し、各実験は3回実施しました。
全ての採血管保存の血漿からのcfDNA抽出で、Apostle MiniMax™は他社製品よりも高い収量が得られました。（図1）
Apostle MiniMax™で抽出したcfDNAを、Agilent Bioanalyzer 2100でサイズ測定を行いました。
3種類全ての採血管で、cfDNAの予想サイズである約170 bpにピークが見られ、cfDNAの抽出が確認できました。（図2）

 

２）高再現性：他社製品より高いcfDNA収量を安定したデータで提供

（図3）

各社抽出キットによる血漿からのcfDNA抽出再現性の比較

Apostle MiniMax™と他社製品（Kit A）を使用して、cfDNA用採血管に保存された1 mLの血漿からcfDNAを抽出しました。
Apostle MiniMax™と他社製品で、それぞれ2回の実験を行いました。抽出したcfDNAを、Agilent Bioanalyzer 2100でサイズ測定を行いました（35bp、10380 bpは内部マーカー）。
Apostle MiniMax™での2回の抽出ではほぼ同じトレースを示しましたが、他社製品では異なるトレースを示していました。
Apostle MiniMax™は、再現性の高いcfDNA抽出ができることがわかります。（図3）

（図4）

各社抽出キットにより血漿および尿から抽出したcfDNAピークの比較

Apostle MiniMax™（赤線）と他社カラム式製品（青線）を使用して、5 mLの血漿（A）および20 mLの尿（B）からcfDNAを抽出しました。抽出したcfDNAを、Agilent Bioanalyzer 2100でサイズ測定を行いました（35bp、10380 bpは内部マーカー）。
Apostle MiniMax™は他社製品より高いcfDNAピーク（170 bp、350 bpなど）が見られ、より高収量であることが示されました。（図4）

 

３）高精製度：高い回収率を維持しつつPCR阻害物質を除去精製

（図5）　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　（図6）

合成DNAを各濃度でspike-inしたサンプルから抽出したDNAのqPCR定量と回収率

EGFR C2573T> G L858R変異を含む170 bpの合成DNA 20 µLを、TE緩衝液 1 mLおよび血清 1 mLに0.001~1 ng/µLの濃度範囲で添加（spike-in）し、Apostle MiniMax™でこれらのサンプルからDNAを抽出しました。
元の合成DNA（黒; コントロール）、TE緩衝液（青）または血清（赤）で希釈した合成DNA断片から抽出したDNAそれぞれを鋳型としてqPCRを行った結果、各希釈濃度で3種類の曲線はほぼ重なり合いました。（図5）
コントロールから鋳型DNA濃度を計算した結果、Apostle MiniMax™による抽出のDNA回収率は90%以上と非常に高いことがわかりました。（図6）

 

（図7）

各社抽出キットによる各採血管保存サンプルから抽出したcfDNAを鋳型としたqPCR増幅の比較

Apostle MiniMax™（赤）と他社カラム式製品（Kit A; 灰）を使用して、cfDNA用採血管（cfDNA tube 1, 2）およびEDTA採血管（EDTA collection tube）で保存されたサンプルから抽出を行い、そのcfDNAを鋳型としてqPCRを行いました。
3種類すべての採血管で、Apostle MiniMax™のほうが他社製品よりCt値が小さく、良好な増幅を示しました。（図7）

 

４）大容量対応：最大5 mLサンプルからのcfDNA抽出に対応

（図8）

Apostle MiniMax™によるEDTA採血管保存血漿1, 3, 5 mLからのcfDNA抽出収量

Apostle MiniMax™を使用して、EDTA採血管で保存された血漿1、3、5 mLから抽出を行い、Quant-iT PicoGreen dsDNA assay kit (Thermo Fisher Scientific) でcfDNAを定量しました。（各実験は3回実施）
抽出に使用する血漿容量が多いほど、高いcfDNA収量となりました。（図8）

抽出ワークフロー

磁性ビーズによるcfDNA抽出ワークフロー

1. Sample Lysis BufferとProteinase Kでサンプルを溶解
2. 磁性ビーズ（Magnetic NanoparticlesとcfDNA Lysis/Binding Solution）にcfDNAを結合
3. Magnetic Nanoparticlesを磁石に結合させ上清を除去
4. cfDNA Wash Solutionで磁性ビーズを洗浄
5. cfDNA 2^nd Wash Solutionで磁性ビーズを洗浄
6. cfDNA Elution Solutionで磁性ビーズから精製cfDNAを溶出
7. 精製cfDNAを回収

 

キット内容