フォーマピュア Total

特長

• 10 µm FFPE切片3枚までのDNAとRNA抽出に対応
• 同一サンプルからDNAとRNAの両方の抽出が可能
• 次世代シーケンスに使用可能なDNA/RNA収量・品質
• キシレン不使用で、ラボの安全性に寄与
• ミネラルオイルによる油層／水相分離により脱パラフィンを行うことができ、抽出操作も簡単
• 96ウェルプレートフォーマットで、脱クロスリンクから精製までの処理が可能なため、簡単にスループットを向上させることが可能

概要

さまざまな組織の長期保存FFPEサンプルからDNA/RNA抽出
FormaPure Totalはさまざまな組織の長期保存FFPEサンプルからでも高収率でDNAとRNAを抽出精製できます。
各組織（ヒト乳がん組織、ヒト大腸がん組織、ヒト肝臓がん組織、ヒト肺がん組織）のFFPEサンプルから抽出した核酸量を測定しました（表1）。

【表1】さまざまな保存年数およびがん組織由来のFFPEサンプル各10 µm 切片1枚あたりの核酸収量（ng）
核酸定量は、それぞれPicoGreen (DNA), RiboGreen (RNA)蛍光測定により行った。

各組織のFFPEサンプルから断片長が大きい高品質なRNAを抽出
FormaPure Totalはさまざまな組織のFFPEサンプルから、切断の少なく断片長が大きいRNAを抽出精製できます。
各組織（ヒト乳がん組織、ヒト大腸がん組織、ヒト肝臓がん組織、ヒト肺がん組織）のFFPEサンプルから抽出したRNAのフラグメントサイズを、FormaPure Totalと他社製品で比較したところ、FormaPure RNAのほうが200 nt以上の割合が大きく、断片化の少ない高品質なRNAが抽出されました（図1）。

【図1】FormaPure RNAによる、分解の少ないRNAの抽出
4種類のFFPEがん組織から抽出したRNAの断片サイズを、Fragment Analyzer (Advanced Analytical)で解析しました。
FormaPure RNAで抽出したRNAは青色、他社製品で抽出したRNAはオレンジ色。
DV200の値は、200 ntを超えるRNA量のパーセンテージを示します。

次世代シーケンスに求められるDNA品質に適合
FormaPure Totalは、FFPEサンプルからのDNA回収時に抽出バイアスがかかりづらい特徴があります。
FormaPure Totalで回収したDNAをサンプルとして次世代シーケンス解析を行った結果、低頻度バリアント（変異）も安定して検出できました（表2）。
FormaPure Totalは、次世代シーケンスのDNAサンプル調製に適していることが分かります。


【表2】FormaPure Totalで抽出したDNAで次世代シーケンスを行った際の、低頻度バリアントの検出例

大量処理も可能な効率の良いプロセス
FormaPure Totalは磁性ビーズを用いており、96ウェルベースでの大量処理にも適しています。
ベックマン・コールター社の自動分注機Biomekシリーズによる自動化も可能です。
Biomek i-Seriesを用いれば、96サンプルからのDNAとRNAの抽出を、脱パラフィンを含めたハンズオン30分の約6.75時間で処理可能です。

 

実験ステップ

1：80℃で脱パラフィン
2：60℃で組織溶解／脱クロスリンク
3：RNA抽出用サンプルの取り出し
4：核酸の磁性ビーズへの結合
5：80%エタノール洗浄
6：DNase I 処理
7：RNAの磁性ビーズへの再結合
8：80%エタノール洗浄
9：精製RNAの溶出
10：80℃で追加の脱クロスリンク
11：DNA抽出用サンプルの取り出し
12：RNase A 処理
13：DNAの磁性ビーズへの結合
14：Washでの洗浄
15：80%エタノール洗浄
16：精製DNAの溶出

アプリケーション

• 次世代シーケンシング (ターゲット・キャプチャー解析、エキソーム解析、全ゲノム解析、RNA-Seq解析)
• 通常のエンドポイント PCR
• qPCR

構成内容

• Mineral Oil (MO)
• Lysis (LBA)
• Bind (BBA)
• Wash (WBA)
• Re-Bind (RBA)
• RNase A
• Proteinase K

関連製品

• ベックマンコールター社 試薬用アクセサリ
• FormaPure DNA
• FormaPure RNA