特長
- 血漿中などから任意の方法で抽出したcfDNA濃度を便宜的に評価することが可能
- NGSライブラリー調整前にcfDNA濃度を測定することで適正なインプット量を決めることが可能
- 下記の標準的な20 µL反応系容量プロトコルでの使用想定で250反応相当
標準的な20 µLの反応系容量のプロトコル
- qPCRの反応系１反応の容量：20 µL
- PCR Grade Water：5.2 µL
- Forward Primer（10 µM）：1.2 µL（Final Conc. 0.6 µM）
- Reverse Primer（10 µM）：1.2 µL（Final Conc. 0.6 µM）
- Hydrolysis Probe（10 µM）：0.4 µL（Final Conc. 0.2 µM）
- 加水分解プローブアッセイ用Master Mix（2x）：10 µL
- Sample Template：2 µL
PCR反応プログラム
- 50℃、2 min（120 sec）UNG活性化（UNGを使用しない場合は不要です。）
- 95℃、10 min（600 sec）初期変性
- 以下を40 cycles繰り返し（PCR増幅）
95℃、15 sec；
60℃、60 sec；ここでFAM蛍光の検出を行ってください。
※ 基本的には、ご使用のMaster Mixの取り扱いに従ってください。
プライマー・プローブ配列
- Amplicon Size: 83 bp
- Forward TTGCGGCATTATTCACAATAGC
- Reverse GTGCCACATTTTCTTAATCCAGTCT
- Hydrolysis Probe FAM-TGGAACCAACCCAAATGTCCAACAATGA-TAMRA
※ 弊社のプライマーはすべてSalt Free Oligo™です。
参考文献
Jinsheng Yu et al.,
Copy-number analysis of topoisomerase and thymidylate synthase genes in frozen and FFPE DNAs of colorectal cancers
Pharmacogenomics. 2008 Oct; 9(10): 1459–1466