Nanobind 高分子ゲノムDNA抽出キット(細胞・全血・バクテリア用)

Nanobind 高分子ゲノムDNA抽出キット(細胞・全血・バクテリア用)

(Nanobind CBB Big DNA Kit (Cells, Bacteria, Blood))

Circulomics

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CatNo. メーカーコード・旧型番 概要 単位 価格 在庫 EC価格
NB-900-001-01 Nanobind CBB Big DNA Kit (Cells, Bacteria, Blood) 20回用 在庫あり 受注発注品 返品不可

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製品概要

ハイクオリティな高分子ゲノムDNAを最適に抽出・精製を可能にするキット

Nanobindとは?

Nanobindは、Circulomics社が独自に開発した高密度シリカのナノ構造を利用したテクノロジーです(図1)。
Nanobindテクノロジーを磁気ディスクと組み合わせることにより、従来の磁気ビーズやシリカ製スピンカラムを使用するキットでは実現できなかった、ハイクオリティな高分子(~300+kb)または超高分子(~1+Mb)ゲノムDNAを抽出・精製することが可能となり、第3世代シークエンス時のN50値を大幅に向上させることができます。


図1. Nanobindによる高密度シリカ表面構造のSEM画像。

Nanobind CBB Big DNA Kit (Cells, Bacteria, Blood)の特長

  • 高分子ゲノムDNA抽出キット(細胞・全血・バクテリア用)
  • ハイクオリティな高分子(50 kb – 300+ kb)または超高分子(~1+Mb)ゲノムDNAを抽出・精製
  • 第3世代ロングリードシークエンス時のN50値を大幅に向上
  • 高分子 (~300+kb) または超高分子 (~1+Mb) DNAの抽出に応じて、2種類のプロトコールが選択可能
  • 自動化に対応
  • 本製品は細胞・全血・バクテリア用です。
    (組織、植物に使用可能なラインナップもございます。詳しくは関連製品のご案内をご覧ください。)

期待される収量

HMW(50 kb – 300+ kb)およびUHMW(50 kb – 1+ Mb)DNA抽出用のプロトコルを使用した場合(図2)。
抽出されたDNAは、PacBio RSII / Sequel、Oxford Nanopore MinION / GridION / PromethION、Bionano Genomics Irys / Saphyr、10X Genomics Chromiumなど、さまざまなゲノミクスプラットフォームで使用されています。

図2.Nanobindを使用して抽出したHMWおよびUHMW DNAのパルスフィールドゲル電気泳動(PFGE)の比較。HMWプロトコルは通常、50〜300+ kbのDNAをもたらします(レーン左)。 UHMWプロトコルは、長さが5.7 Mbを超えるメガベースDNAを取得できます(レーン右)。

サンプルと期待収量

HMWゲノムDNAの収量は、処理されるサンプルによって異なります。
次の表に、検証済みのサンプルタイプの推奨入力範囲と予想収量を示します(図3)。
各サンプルは、長い読み取りシーケンスによって検証されています。

シークエンス結果

Nanobind CBB Big DNA Kitを使用していくつかのサンプルタイプから抽出されたHMW DNAのシーケンス検証は、PacBio®Sequel®ロングリードシーケンスプラットフォームを使用して実行されました(図4)。

ワークフロー

対象サンプル別に3種類のラインナップ

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仕様

キット構成内容
CatNo. NB-900-001-01
製品名 Nanobind CBB Big DNA Kit(Cells, Bacteria, Blood)
入数 20回分/1キット

構成内容
Nanobind Disks
Proteinase K
RNase A
Buffer CLE3
Buffer BL3
Buffer CW1 Concentrate
Buffer CW2 Concentrate
Buffer EB
 

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技術資料

取扱説明書

SDS

レビュー

4 2件のレビュー

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4.0

2021年02月02日

大変使い勝手がよかったです。

溶液が準備されており、使い勝手も良いので操作がしやすかったです。
磁気ビーズに慣れるのに少しかかりそうです。

(日本ジェネティクスより)
この度は貴重なご意見をお聞かせいただき、誠にありがとうございます。
今後の製品改良・改善の参考とさせて頂きたいと思います。
またお気づきの点がございましたら、いつでもご意見をお寄せください。
この度は誠に有難うございました。
2021年2月2日

東京大学 農学生命科学研究科 Nao 様

4.0

2021年02月02日

まだ、最も細胞破砕が簡単な好塩菌に適用しただけですが、簡単に高分子DNAが取れました。PFGEで平均 150kbp程度の電気泳動像が得られました。他社の同等品では、平均50kbp程度までに断片化します。

DNAを取り出した後の作業で、高分子DNAを取り出すという点では非常に使える(マクロサイズの磁気ディスクにしたところが優れた部分)と思います。
巻取り法と同じ感覚で、目に見える形でDNAが磁気ディスクにくっついている状態を確認しながら作業をすすめることができました。
細胞破砕のところは、結局生物種ごとで異なるはずなので、個人的には細胞破砕の溶液などはオプションでもいいように思いました。今回は、その部分は使用していません。
磁気ディスクにする工夫は素晴らしいのですが、手軽に使える価格帯ではないので、例えば、シリコナイズ処理したチューブなどで同様のことができれば一気に低価格に出来ると思います。
あるいは磁気ビーズのサイズを大きくしたものでいいのかもしれません。
これは、ディスク形状がベストではない(マイクロチューブにはまり込んで使いづらい面もある)ことからの意見でもあります。

(日本ジェネティクスより)
この度は貴重なご意見をお聞かせいただき、誠にありがとうございます。
今後の製品改良・改善の参考とさせて頂きたいと思います。
またお気づきの点がございましたら、いつでもご意見をお寄せください。
この度は誠に有難うございました。
2021年2月2日

名古屋大学 遺伝子実験施設 井原邦夫 様

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