Nanobind 高分子ゲノムDNA抽出キット（細胞・全血・バクテリア用）
（Nanobind CBB Big DNA Kit (Cells, Bacteria, Blood)）
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※冷凍品（-20℃）に関しては、原則として休前日（金曜日など）の出荷を行っておりませんのでご了承ください。（一部販売店様向けを除く）
在庫情報更新日時:2023-06-01 21:50
| CatNo. | メーカーコード・旧型番 | 概要 | 単位 | 価格 | 在庫 | EC価格 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| NB-900-001-01 |
Nanobind CBB Big DNA Kit (Cells, Bacteria, Blood)
販売中止 |
20回用 |
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| 102-301-900 | NB-900-001-01 | Nanobind CBB Big DNA Kit (Cells, Bacteria, Blood) | 24回用 |
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EC価格を確認 |
製品概要
お知らせ
＜2022年9月12日掲載＞
この度、Pacific Biosciences of California社がCirculomics社を買収したことにより、Circulomics社製品の販売元、
型番、包装単位、および価格が変更されることとなりました。
製品をご愛顧いただいているお客様には誠に恐縮ではございますが、何卒ご理解賜りますよう宜しくお願い申し上げます。
詳しい内容につきましては、ご案内文にてご確認くださいますようお願い申し上げます。
変更時期：
2022年9月30日までCirculomics 社の現型番にて販売（弊社在庫がなくなり次第、新型番に切替）
2022年10月1日よりPacific Biosciences of California社の新型番にて販売
ご案内文はこちら＞＞こちら
ハイクオリティな高分子ゲノムDNAを最適に抽出・精製を可能にするキット
Nanobindとは？
Nanobindは、Circulomics社が独自に開発した高密度シリカのナノ構造を利用したテクノロジーです（図1）。
Nanobindテクノロジーを磁気ディスクと組み合わせることにより、従来の磁気ビーズやシリカ製スピンカラムを使用するキットでは実現できなかった、ハイクオリティな高分子(~300+ kb）または超高分子(~1+ Mb)ゲノムDNAを抽出・精製することが可能となり、第3世代シークエンス時のN50値を大幅に向上させることができます。
図1. Nanobindによる高密度シリカ表面構造のSEM画像。
サンプルタイプに応じたNanobind Big DNA Kitのラインナップ
| 細胞、全血、バクテリア用 | 組織用 | 植物用 |
|---|---|---|
| Nanobind CBB Big DNA Kit (本製品) |
Nanobind Tissue Big DNA Kit | Nanobind Plant Nuclei Big DNA Kit |
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Nanobind CBB Big DNA Kit (Cells, Bacteria, Blood)の特長
- 高分子ゲノムDNA抽出キット（細胞・全血・バクテリア用）
- ハイクオリティな高分子（50 kb – 300+ kb）または超高分子（～1+ Mb）ゲノムDNAを抽出・精製
- 第3世代ロングリードシークエンス時のN50値を大幅に向上
- ハイクオリティな高分子ゲノムDNA（50 kb – 300+ kb）抽出キット
- 本製品は細胞・全血・バクテリア用です。
（組織、植物に使用可能なラインナップもございます。詳しくは上記ラインナップをご覧ください。）
期待される収量
HMW（50 kb – 300+ kb）およびUHMW（50 kb – 1+ Mb）DNA抽出用のプロトコルを使用した場合（図2）。
抽出されたDNAは、PacBio RSII / Sequel、Oxford Nanopore MinION / GridION / PromethION、Bionano Genomics Irys / Saphyr、10X Genomics Chromiumなど、さまざまなゲノミクスプラットフォームで使用されています。
図2.Nanobind CBB Big DNA Kitを使用して抽出したHMWおよびUHMW DNAのパルスフィールドゲル電気泳動（PFGE）の比較。HMWプロトコルは通常、50〜300+ kbのDNAを取得できます（レーン左）。 UHMWプロトコルは、長さが5.7 Mbを超えるメガベースDNAを取得できます（レーン右）。
サンプルと期待収量
HMWゲノムDNAの収量は、使用するサンプルによって異なります。
次の表に、検検証済みサンプルの推奨インプット量の範囲と予想収量を示します（図3）。
各サンプルは、ロングリードシーケンスによって検証されています。
シークエンス結果
Nanobind CBB Big DNA Kitを使用していくつかのサンプルタイプから抽出されたHMW DNAのシーケンス検証は、PacBio®Sequel®ロングリードシーケンスプラットフォームを使用して実行されました（図4）。
ワークフロー
プロトコル選択ガイド
サンプルタイプ毎にプロトコルが最適化されておりますので、下記リンクからご参照ください。
Nanobind CBB Kitの全てのプロトコルはNanobind Tissue Kitでも使用することが可能です。血液や細菌、培養細胞などのサンプルのみを使用する場合はNanobind CBB Kitをおすすめいたします。組織サンプルからの抽出も検討されている場合は、Nanobind Tissue Kitのご使用をご検討ください。
| サンプルタイプ | インプット量 | プロトコル | キット |
|---|---|---|---|
| 培養細胞 | 1x106 - 5x106 cells | Procedure & checklist Extracting HMW DNA from cultured cells using Nanobind® kits |
Nanobind
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| グラム陰性菌 | 5x108 - 5x109 bacterial cells | Procedure & checklist Extracting HMW DNA from Gramnegative bacteria using Nanobind® kits | |
| グラム陽性菌 | 5x108 - 5x109 bacterial cells | Procedure & checklist Extracting HMW DNA from Grampositive bacteria using Nanobind® kits | |
| 哺乳類の全血 | 200 µL | Procedure & checklist Extracting HMW DNA from mammalian whole blood using Nanobind® kits | |
| 血液由来の有核細胞 | 5-30 µL | Procedure & checklist Extracting HMW DNA from nucleated blood using Nanobind® kits |
関連製品
仕様
キット構成内容
| 製品名 | Nanobind CBB Big DNA Kit(Cells, Bacteria, Blood) |
|---|---|
| 入数 | 24回分/1キット |
構成内容 |
Nanobind Disks |
| Proteinase K | |
| RNase A | |
| Buffer CLE3 | |
| Buffer BL3 | |
| Buffer CW1 Concentrate | |
| Buffer CW2 Concentrate | |
| Buffer EB |
技術資料
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- Nanobind プロトコル選択ガイド
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2023年03月01日 0.09 MB
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- Nanobind CBB Kit を用いた高分子DNAの抽出
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2021年01月15日 0.38 MB
核酸抽出 長鎖DNA ロングリード
取扱説明書
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- Nanobind® CBB kit Guide & overview
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2022年11月02日 0.43 MB
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- Nanobind® HMW DNA extraction -cultured cells Procedure & checklist
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2022年11月02日 0.23 MB
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- Nanobind® HMW DNA extraction -mammalian whole blood Procedure & checklist
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2022年11月02日 0.25 MB
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- Nanobind® HMW DNA extraction -gram-negative bacteria Procedure & checklist
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2022年11月02日 0.23 MB
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- Nanobind® HMW DNA extraction -gram-positive bacteria Procedure & checklist
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2022年11月02日 0.23 MB
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- Nanobind® HMW DNA extraction -nucleated blood Procedure & checklist
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2022年11月02日 0.20 MB
SDS
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- Proteinase K
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2019年12月04日 0.08 MB
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- RNase A
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2019年12月04日 0.07 MB
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- Buffer CLE3
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2019年12月04日 0.07 MB
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- Buffer BL3
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2019年12月04日 0.09 MB
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- Buffer CW1
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2019年12月04日 0.09 MB
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- Buffer CW2
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2019年12月04日 0.07 MB
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- Buffer EB
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2019年12月04日 0.07 MB
FAQ
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製品仕様
Nanobind 高分子ゲノムDNA抽出キット（細胞・全血・バクテリア用）は、どのようなサンプルで使用できますか？
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Nanobind 高分子ゲノムDNA抽出キット（細胞・全血・バクテリア用）は、培養細胞、培養細菌、およびヒト全血で使用可能です。
ロングリードシーケンシングによって検証されたリファレンスサンプルは、GM12878細胞、大腸菌、サルモネラエンテリカ、赤痢菌、リステリアモノサイトゲネス、およびヒト全血（K2 EDTA、クエン酸ナトリウム、ヘパリン、およびACD安定化）です。酵母は使用することができません。
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製品仕様
HMW DNA（高分子量DNA）とは何ですか？
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HMW DNA（高分子量DNA）は、50〜300 kbのサイズ範囲の大きなDNAです。
これは、PacBioまたはONTのロングリードシーケンスに最適なサイズです。
すべてのNanobindキットは、このサイズ範囲のHMW DNAを抽出するように設計されており、25〜50 kb未満の小さなDNAはほとんど精製されません。
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製品仕様
UHMW DNA（超高分子量DNA）とは何ですか？
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UMHW DNA（超高分子量DNA）、50 kb-1 + Mbのサイズ範囲の非常に大きなDNAです。
これは、DNAマッピング、およびメガベース長のロングリードまたは超ロングリード（> 150 kb）N50の生成に適しています。
UMHW DNAは、1〜2時間で精製できます。
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お知らせ
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- Circulomics社製品 型番・包装単位・価格変更のお知らせ
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2022年09月12日 0.11 MB
レビュー
4.0
2021年02月02日大変使い勝手がよかったです。
溶液が準備されており、使い勝手も良いので操作がしやすかったです。
磁気ビーズに慣れるのに少しかかりそうです。
（日本ジェネティクスより）
この度は貴重なご意見をお聞かせいただき、誠にありがとうございます。
今後の製品改良・改善の参考とさせて頂きたいと思います。
またお気づきの点がございましたら、いつでもご意見をお寄せください。
この度は誠に有難うございました。
2021年2月2日
東京大学 農学生命科学研究科 Nao 様
4.0
2021年02月02日まだ、最も細胞破砕が簡単な好塩菌に適用しただけですが、簡単に高分子DNAが取れました。PFGEで平均 150kbp程度の電気泳動像が得られました。他社の同等品では、平均50kbp程度までに断片化します。
DNAを取り出した後の作業で、高分子DNAを取り出すという点では非常に使える（マクロサイズの磁気ディスクにしたところが優れた部分）と思います。
巻取り法と同じ感覚で、目に見える形でDNAが磁気ディスクにくっついている状態を確認しながら作業をすすめることができました。
細胞破砕のところは、結局生物種ごとで異なるはずなので、個人的には細胞破砕の溶液などはオプションでもいいように思いました。今回は、その部分は使用していません。
磁気ディスクにする工夫は素晴らしいのですが、手軽に使える価格帯ではないので、例えば、シリコナイズ処理したチューブなどで同様のことができれば一気に低価格に出来ると思います。
あるいは磁気ビーズのサイズを大きくしたものでいいのかもしれません。
これは、ディスク形状がベストではない（マイクロチューブにはまり込んで使いづらい面もある）ことからの意見でもあります。
（日本ジェネティクスより）
この度は貴重なご意見をお聞かせいただき、誠にありがとうございます。
今後の製品改良・改善の参考とさせて頂きたいと思います。
またお気づきの点がございましたら、いつでもご意見をお寄せください。
この度は誠に有難うございました。
2021年2月2日
名古屋大学 遺伝子実験施設 井原邦夫 様
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4.0
2021年05月11日DNAの品質としては、非常に良いものが取れているようでした。さらに、少量のサンプルから取れるので、抽出キットとしては非常に優れていると感じました。
抽出されたDNAは他のkitより長いものが取れているようでした。
しかし、実際にnanoporeを用いてシーケンス準備を行う段階で切れているようで、シーケンスリード長は長くなりませんでした。
Takarabioで売っているマッハライのkitと同定で、高くてもN50=30~40kbp程度に留まりました。
この抽出キット自体に問題はありません。
nanoporeにロードする前のライブラリ作成や精製を改善する必要があるようです。
最近発売された、Nanobind Ultra-Long Library Prep Kit 等の、長鎖DNAシーケンス用kitを使用する必要があることがわかりました。
（日本ジェネティクスより）
この度は貴重なご意見をお聞かせいただき、誠にありがとうございます。
今後の製品改良・改善の参考とさせて頂きたいと思います。
またお気づきの点がございましたら、いつでもご意見をお寄せください。
この度は誠に有難うございました。
2021年5月11日
東京大学 新領域創成科学研究科 とくさん 様