- お客様事例
超微量な深海・海洋環境DNA（1pg）からの ショットガンメタゲノムライブラリー調製
国立研究開発法人海洋研究開発機構 海洋生命理工学研究開発センター 生命機能研究グループ
平井 美穂様、高木 善弘 様
お客様のコメント
我々の扱うサンプルは、DNA濃度が測れないような環境試料が殆どです。キットの適応下限を切る、このような 試料でもどうにかしてショットガンメタゲノム解析が出来ないかと思ったことが始まりでした。
10 pg以上のDNAがあれば、アダプターの濃度とサイクルを変更することで、あとは全く同じプロトコルで、再現 性よくライブラリーの構築が可能でしたので、幅広い分野に活用できるかと思います。
この実験系では、いかにラボコンタミネーションを軽減するか、DNAをなくさないかが重要ですので、是非その点 に気をつけて研究を行っていただければと思います。
概要
【Cat.No. KK8502、KK8503】
深海水塊、海洋堆積物、海底下掘削試料から得られる環境 DNA は、ショットガンメタゲノム解析において、 採取機会・量が限定的、微生物マスが少ない、環境 DNA 中の夾雑物が多いなどの問題があります。
そこで、今回ラボコンタミネーションの影響に注意しながら、超微量環境 DNA1 pg からショットガンメタゲノム解析ライブラリー作成が可能かどうか試みましたので、報告いたします。
