- お客様事例
KAPA Frag酵素による安定的な目的サイズ分布を示す DNA断片化 ～ Ion Protonでのsingle cell RNA-Seq用ライブラリー調製におけるcDNAの断片化方法 ～
国立研究開発法人 国立がん研究センター研究所 エピゲノム解析分野
ユニット長 山下 聡 様
お客様のコメント
NGSライブラリのためのDNA断片化において、物理的な断片化方法も考えましたが、元のDNAの量やサイズがバラバラだと、この方法では常に同じサイズに揃えるのは難しい。
酵素を用いた容易な断片化法を求めていたところ、KAPA Frag Kitがあったので早速試しました。
元のDNAの長さが数キロだろうがゲノムだろうがほぼおなじ条件でよいようなので、条件検討は反応時間の確認だけで済みました。
あまりにも簡単に、均一なDNA断片化ができたので感動しました。
概要
【Cat.No. KK8600、KK8601、KK8602】
ライゲーションをベースとしたライブラリー調製の前処理として、シーケンスに供するDNAを、シークエンスに適した目的サイズに断片化することが求められます。
一方、サンプル数が多い場合、断片化条件を各サンプル毎に最適化し、同じサイズに断片化することは困難となります。
今回は、Ion ProtonシステムでのcDNAからのRNA-Seq用ライブラリー調製におけるcDNAの断片化処理において、DNA断片化用試薬KAPA Frag Kitを用いたことで、サンプル間でバラつきが少なく、安定的に目的サイズのDNA断片が得られた事例をご紹介します。
