- お客様事例
次世代シーケンサー（NGS）を用いたヒトの主要組織適合遺伝子複合体（HLA）タイピング法の開発
国立遺伝学研究所 人類遺伝研究部門
細道 一善 様
お客様のコメント
低コストでより杯スループットに塩基配列を決定できた。
概要
【Cat.No. KK2611、KK2612】
次世代シーケンサー(NGS)の技術により、大規模なゲノム配列決定のみならず、ゲノム上の特定の領域にターゲットを絞り、多検体を迅速にリシークエンスすることも可能となった。
変異の検出や検証、スクリーニングのための効率的な手法であるターゲットリシークエンシングの一つとして、我々はヒトの主要組織適合遺伝子複合体(HLA)遺伝子のリシークエンシングによるHLAタイピング法の開発をすすめている。
現在のHLAタイピングは蛍光ビーズ法によるPCR-Sequence Specific Oligonucleotide (PCR-SSO)およびダイレクトシーケンスによるPCR-Sequencing Based Typing (PCR-SBT) により行われており、これらの技術は10年以上もの間置き換わっていない。
PCR-SSO は高頻度アレルのみを同定する手法であり、低頻度のものを同定できない。
また、塩基配列を直接決定するPCR-SBTはHLA-A、BおよびCそれぞれの遺伝子座で 8,000、18,000 および5,000以上のHLAアレルの組み合わせにおいてphase ambiguityに起因する曖昧なタイピング結果が得られるという問題点がある。
本アプリケーションノートでは我々が進めているHLA遺伝子のリシークエンシングにおけるライブラリ調製の問題点とその解決法に焦点をあて、実例を紹介したい。
実験の詳細および解析手法は、リファレンスを参照いただきたい。
