Rhelixa（レリクサ）RNA-Seq 高次解析サービス（スタンダードプラン）

RNA-Seq 高次解析スタンダードプラン

ベーシックプランの解析内容に加え、さまざまなオプション解析メニューをご用意しております。
尚、高次解析スタンダードプランをご依頼いただく際には、ベーシックプランをお申込みいただく必要がございます。
（※解析結果に対する解釈付与などのアフターサポートは含まれておりません。）

RNA-Seq高次解析ベーシックプランはこちら

■発現変動遺伝子解析（DEG Differentially Expressed Genes）
サンプル群間で有意差のある発言変動遺伝子を抽出して、ヒートマップを描画します。

※ほかのカスタム解析を実施するために必要な解析となります。

例：Volcano plot ･･･plotのhtmlファイルをクリックするとプロットがwebブラウザで表示されます。
プロットされたドットにカーソルを当てるとIDや遺伝子名を確認することができます。
また、マウスドラッグで特定領域をズームすることも可能です。

■GO解析（Gene Ontology解析）

Biological process（生物学的機能）に基づいて付与される遺伝子のアノテーションを実施し、発現変動遺伝子の機能を大まかに把握します。

■ IPA*パスウェイ解析（アカデミア）

公共の文献を集約した情報から、発現変動遺伝子とその発現変化に関連する遺伝子間ネットワークおよび、当該ネットワークが関与する生体内での機能／疾患などの生物学的過程・経路を可視化します。

■ IPA*パスウェイ解析（インダストリー）

公共の文献を集約した情報から、発現変動遺伝子とその発現変化に関連する遺伝子間ネットワークおよび、当該ネットワークが関与する生体内での機能／疾患などの生物学的過程・経路を可視化します。
（IPA 解析につきましてはライセンス提供元の契約条件によりインダストリー価格とアカデミア価格が異なります。）

■ DEG解析＋GO解析＋アカデミアパスウェイ解析* 3点セット

群間比較解析において基本となる解析 3 点のセット料金です。

■ DEG解析＋GO解析＋インダストリーパスウェイ解析* 3点セット

群間比較解析において基本となる解析 3 点のセット料金です。
（IPA 解析につきましてはライセンス提供元の契約条件によりインダストリー価格とアカデミア価格が異なります。）

■ GSEA解析（Gene Set Enrichment Analysis）

特定の機能に関連することが知られている遺伝子セットと、 RNA-seq より得られた発現変動遺伝子との相関を算出し、その発現変動によりもたらされる生物学的意義を推定します。
※哺乳類限定となります。

■ 上流因子解析

HOMERおよび ChIP-Atlasを用いて、発現変動遺伝子や遺伝子群について、そのプロモーター領域に存在する転写因子結合モチーフを予測します。
※ヒト・マウス・ラット限定

■ de novo RNA-seq

リファレンスゲノムが未知または不十分である生物種において、シーケンスにより得られた RNA 配列をassemble し、検体で発現している転写産物の配列を構築し、アノテーションを付与します。

■ スプライシングバリアント解析

JunctionSeqを用いて、個々の遺伝子座から転写される転写物アイソフォーム（スプライシングバリアント）の発現を解析します。

■ 融合遺伝子解析

シーケンスにより得られたRNA 配列を用いて、染色体の転座、逆位等により生じる複数の遺伝子が連結した遺伝子を検出します。

■ トランスクリプトSNP 解析

シーケンスにより得られたRNA 配列を用いて、その配列に存在するアリルを検出し、アノテーションを付与します。

解析納品物サンプル

下記「技術資料」欄より、解析納品物サンプル（圧縮ファイル）をダウンロードいただけます。 ファイルの解凍は7-Zip（フリーウェア）をご利用ください。

1.　ファイル名をクリックしてダウンロード

2.　ファイルが保存されたフォルダを開き、7-Zipを利用して解凍してください。

【ご注意】
※Windowsをご利用の場合、ファイルが文字化けすることがあります。
その場合は、下記のファイル解凍ソフトウェアをご利用ください。
CubeICE : https://www.cube-soft.jp/cubeice/#products