フォーマピュア DNA

FFPEサンプルから高収量・高精製度でDNAを抽出
FFPE（Formalin-Fixed, Paraffin - Embedded：ホルマリン固定パラフィン包埋）組織からの高品質なDNA抽出は、癌研究分野の解析アプリケーションにおいて重要性を増しています。FFPEサンプルに特有なホルマリンの残留やDNAに架橋構造が生じることにより、ダウンストリームで使用可能なDNAの抽出は困難ですが、FormaPure DNAは次世代シーケンス解析で良好な結果が得られる程度に高収量かつ高品質なDNAを抽出・精製することが可能です。

FormaPure DNAはキシレンなどの有機溶媒を使用せず、ミネラルオイルによる油層／水相分離により脱パラフィンを行うことができ、抽出操作も簡単です。また96ウェルプレートフォーマットで、脱クロスリンクから精製までの処理が可能なため、簡単にスループットを向上させることができます。

特長

• 10 μm FFPE切片3枚までのDNA抽出に対応
• 次世代シーケンスに使用可能なDNA収量・精製度
• キシレン不使用で、ラボの安全性に寄与

概要

さまざまな組織のFFPEサンプルから高収量のDNA
FormaPure DNAはさまざまな組織のFFPEサンプルからでも高収率で核酸を抽出精製できます。各組織（Horizon標準組織、ヒト乳がん組織、ヒト大腸がん組織、ヒト肝臓がん組織、ヒト肺がん組織）のFFPEサンプルから抽出した核酸量を測定し、他社製品（A）と比較しても良好な収率を示しました（図1）。

【図1】各10 μm 切片あたりのDNA収量（ng）をFormaPure DNA（FP DNA）と他社製品（A）で比較
様々ながん組織由来のFFPEサンプルおよびHorizon Discovery- HD200 FFPE標準サンプルを用いた。DNA収量はQuant-iTアッセイにより行った（n=8）。



さまざまな組織のFFPEサンプルから高品質のDNA
FormaPure DNAは高い収量だけではなく、高い精製度でDNAを回収することが可能です。抽出されたDNAは、吸光度比は1.6～1.7（260/280nm）および1.3～2.0（260/230nm）で高い精製度であることが示されました（図2）。

【図2】10 μm 切片からFormaPure DNAで抽出したDNAの260/280および260/230吸光度比
様々ながん組織由来のFFPEサンプルおよびHorizon Discovery- HD200 FFPE標準サンプルを用いた（n=8）。

次世代シーケンスに求められるDNA品質にも適合
FormaPure DNAは、FFPEサンプルからのDNA抽出時に抽出バイアスがかかりづらい特徴があります。
FormaPure DNAで抽出したDNAをサンプルとして次世代シーケンス解析を行った結果、低頻度バリアント（変異）も安定して検出できました（表1）。
FormaPure DNAは、次世代シーケンスのサンプル調製に適していることが分かります。


【表1】FormaPure DNAで抽出したDNAで次世代シーケンスを行った際の、低頻度バリアントの検出例

大量処理も可能な効率の良いプロセス
FormaPure DNAは磁性ビーズを用いており、96ウェルベースでの大量処理にも適しています。
ベックマン・コールター社の自動分注機Biomekシリーズによる自動化も可能です。Biomek i-Seriesを用いれば、96サンプルからのDNA抽出を、脱パラフィンを含めたハンズオン30分の、約5.75時間で処理可能です。



実験ステップ

1： Mineral Oilを加え加熱し、パラフィンを溶解
2： Lysis、Proteinase Kを加え組織消化
3： 加熱し脱クロスリンク
4： RNase A処理
5： Bindを加え、DNAをSPRI磁性ビーズに結合
6： エタノールで洗浄
7： Washで洗浄
8： エタノールで洗浄
9： 溶出

アプリケーション

• 次世代シーケンシング (アンプリコン解析、ターゲット・キャプチャー解析、エキソーム解析、全ゲノム解析)
• 通常のエンドポイント PCR
• qPCR

関連製品

• FormaPure Total
• FormaPure RNA

内容構成

• Mineral Oil (MO)
• Lysis (LBA)
• Bind (BBA)
• Wash (WBA)
• RNase A
• Proteinase K

保存方法：室温保存