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納期/出荷日について

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CatNo. メーカーコード・旧型番 概要 単位 価格 在庫 EC価格
B89230 FormaPure DNA 50 Preps お問い合わせください 受注発注品 返品不可
B89231 FormaPure DNA 96 Preps お問い合わせください 受注発注品 返品不可
B89232 FormaPure DNA 384 Preps お問い合わせください 受注発注品 返品不可
マグネットアクセサリ
A29182 SPRIstand 6 Position Tube Magnet (1.5/2mLチューブ用) 1個 在庫わずか
A32782 SPRIPlate 96 Ring Super マグネットプレート(96ウエルプレート用) 1個 在庫わずか

EC going 及び BPM購入システムとは?
EC going FAQ

製品概要

FFPEサンプルから高収量・高精製度でDNAを抽出
FFPE(Formalin-Fixed, Paraffin - Embedded:ホルマリン固定パラフィン包埋)組織からの高品質なDNA抽出は、癌研究分野の解析アプリケーションにおいて重要性を増しています。FFPEサンプルに特有なホルマリンの残留やDNAに架橋構造が生じることにより、ダウンストリームで使用可能なDNAの抽出は困難ですが、FormaPure DNAは次世代シーケンス解析で良好な結果が得られる程度に高収量かつ高品質なDNAを抽出・精製することが可能です。

FormaPure DNAはキシレンなどの有機溶媒を使用せず、ミネラルオイルによる油層/水相分離により脱パラフィンを行うことができ、抽出操作も簡単です。また96ウェルプレートフォーマットで、脱クロスリンクから精製までの処理が可能なため、簡単にスループットを向上させることができます。

特長

  • 10 μm FFPE切片3枚までのDNA抽出に対応
  • 次世代シーケンスに使用可能なDNA収量・精製度
  • キシレン不使用で、ラボの安全性に寄与

概要

さまざまな組織のFFPEサンプルから高収量のDNA
FormaPure DNAはさまざまな組織のFFPEサンプルからでも高収率で核酸を抽出精製できます。各組織(Horizon標準組織、ヒト乳がん組織、ヒト大腸がん組織、ヒト肝臓がん組織、ヒト肺がん組織)のFFPEサンプルから抽出した核酸量を測定し、他社製品(A)と比較しても良好な収率を示しました(図1)。

【図1】各10 μm 切片あたりのDNA収量(ng)をFormaPure DNA(FP DNA)と他社製品(A)で比較
様々ながん組織由来のFFPEサンプルおよびHorizon Discovery- HD200 FFPE標準サンプルを用いた。DNA収量はQuant-iTアッセイにより行った(n=8)。



さまざまな組織のFFPEサンプルから高品質のDNA

FormaPure DNAは高い収量だけではなく、高い精製度でDNAを回収することが可能です。抽出されたDNAは、吸光度比は1.6~1.7(260/280nm)および1.3~2.0(260/230nm)で高い精製度であることが示されました(図2)。

【図2】10 μm 切片からFormaPure DNAで抽出したDNAの260/280および260/230吸光度比
様々ながん組織由来のFFPEサンプルおよびHorizon Discovery- HD200 FFPE標準サンプルを用いた(n=8)。



次世代シーケンスに求められるDNA品質にも適合
FormaPure DNAは、FFPEサンプルからのDNA抽出時に抽出バイアスがかかりづらい特徴があります。
FormaPure DNAで抽出したDNAをサンプルとして次世代シーケンス解析を行った結果、低頻度バリアント(変異)も安定して検出できました(表1)。
FormaPure DNAは、次世代シーケンスのサンプル調製に適していることが分かります。


【表1】FormaPure DNAで抽出したDNAで次世代シーケンスを行った際の、低頻度バリアントの検出例



大量処理も可能な効率の良いプロセス
FormaPure DNAは磁性ビーズを用いており、96ウェルベースでの大量処理にも適しています。
ベックマン・コールター社の自動分注機Biomekシリーズによる自動化も可能です。Biomek i-Seriesを用いれば、96サンプルからのDNA抽出を、脱パラフィンを含めたハンズオン30分の、約5.75時間で処理可能です。



実験ステップ


1: Mineral Oilを加え加熱し、パラフィンを溶解
2: Lysis、Proteinase Kを加え組織消化
3: 加熱し脱クロスリンク
4: RNase A処理
5: Bindを加え、DNAをSPRI磁性ビーズに結合
6: エタノールで洗浄
7: Washで洗浄
8: エタノールで洗浄
9: 溶出

アプリケーション

  • 次世代シーケンシング (アンプリコン解析、ターゲット・キャプチャー解析、エキソーム解析、全ゲノム解析)
  • 通常のエンドポイント PCR
  • qPCR

関連製品

仕様

内容構成

  • Mineral Oil (MO)
  • Lysis (LBA)
  • Bind (BBA)
  • Wash (WBA)
  • RNase A
  • Proteinase K

保存方法:室温保存

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