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納期/出荷日について

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CatNo. メーカーコード・旧型番 概要 単位 価格 在庫 EC価格
C16675 FormaPureTotal(50preps) 50 preps お問い合わせください 受注発注品 返品不可
C16676 FormaPureTotal(96preps) 96 preps お問い合わせください 受注発注品 返品不可
マグネットアクセサリ
A29182 SPRIstand 6 Position Tube Magnet (1.5/2mLチューブ用) 1個 在庫わずか
A32782 SPRIPlate 96 Ring Super マグネットプレート(96ウエルプレート用) 1個 在庫わずか

EC going 及び BPM購入システムとは?
EC going FAQ

製品概要

FFPEサンプルから高収量・高品質なDNA/RNAを抽出
FFPE(Formalin-Fixed, Paraffin - Embedded:ホルマリン固定パラフィン包埋)組織からの高品質なDNA/RNA抽出は、癌研究分野の解析アプリケーションにおいて重要性を増しています。FFPEサンプルに特有なホルマリンの残留やDNA/RNAに架橋構造が生じることにより、ダウンストリームで使用可能なDNA/RNAの抽出は困難ですが、FormaPure Totalは次世代シーケンス解析で良好な結果が得られる程度に高収量かつ高品質なDNAとRNAの両方を、同一サンプルから抽出・精製することが可能です。

FormaPure Totalはキシレンなどの有機溶媒を使用せず、ミネラルオイルによる油層/水相分離により脱パラフィンを行うことができ、抽出操作も簡単です。また96ウェルプレートフォーマットで、脱クロスリンクから精製までの処理が可能なため、簡単にスループットを向上させることができます。

特長

  • 10 μm FFPE切片3枚までのDNAとRNA抽出に対応
  • 同一サンプルからDNAとRNAの両方の抽出が可能
  • 次世代シーケンスに使用可能なDNA/RNA収量・品質
  • キシレン不使用で、ラボの安全性に寄与

概要

さまざまな組織の長期保存FFPEサンプルからDNA/RNA抽出
FormaPure Totalはさまざまな組織の長期保存FFPEサンプルからでも高収率でDNAとRNAを抽出精製できます。各組織(ヒト乳がん組織、ヒト大腸がん組織、ヒト肝臓がん組織、ヒト肺がん組織)のFFPEサンプルから抽出した核酸量を測定しました(表1)。

【表1】さまざまな保存年数およびがん組織由来のFFPEサンプル各10 μm 切片1枚あたりの核酸収量(ng)
核酸定量は、それぞれPicoGreen (DNA), RiboGreen (RNA)蛍光測定により行った。



各組織のFFPEサンプルから断片長が大きい高品質なRNAを抽出

FormaPure Totalはさまざまな組織のFFPEサンプルから、切断の少なく断片長が大きいRNAを抽出精製できます。
各組織(ヒト乳がん組織、ヒト大腸がん組織、ヒト肝臓がん組織、ヒト肺がん組織)のFFPEサンプルから抽出したRNAのフラグメントサイズを、FormaPure Totalと他社製品で比較したところ、FormaPure RNAのほうが200 nt以上の割合が大きく、断片化の少ない高品質なRNAが抽出されました(図1)。

【図1】FormaPure RNAによる、分解の少ないRNAの抽出
4種類のFFPEがん組織から抽出したRNAの断片サイズを、Fragment Analyzer (Advanced Analytical)で解析しました。
FormaPure RNAで抽出したRNAは青色、他社製品で抽出したRNAはオレンジ色。DV200の値は、200 ntを超えるRNA量のパーセンテージを示します。



次世代シーケンスに求められるDNA品質に適合
FormaPure Totalは、FFPEサンプルからのDNA回収時に抽出バイアスがかかりづらい特徴があります。

FormaPure Totalで回収したDNAをサンプルとして次世代シーケンス解析を行った結果、低頻度バリアント(変異)も安定して検出できました(表2)。
FormaPure Totalは、次世代シーケンスのDNAサンプル調製に適していることが分かります。


【表2】FormaPure Totalで抽出したDNAで次世代シーケンスを行った際の、低頻度バリアントの検出例


大量処理も可能な効率の良いプロセス
FormaPure Totalは磁性ビーズを用いており、96ウェルベースでの大量処理にも適しています。
ベックマン・コールター社の自動分注機Biomekシリーズによる自動化も可能です。Biomek i-Seriesを用いれば、96サンプルからのDNAとRNAの抽出を、脱パラフィンを含めたハンズオン30分の約6.75時間で処理可能です。

 

実験ステップ


1: 80℃で脱パラフィン
2: 60℃で組織溶解/脱クロスリンク
3: RNA抽出用サンプルの取り出し
4: 核酸の磁性ビーズへの結合
5: 80%エタノール洗浄
6: DNase I 処理
7: RNAの磁性ビーズへの再結合
8: 80%エタノール洗浄
9: 精製RNAの溶出
10: 80℃で追加の脱クロスリンク
11: DNA抽出用サンプルの取り出し
12: RNase A 処理
13: DNAの磁性ビーズへの結合
14: Washでの洗浄
15: 80%エタノール洗浄
16: 精製DNAの溶出

アプリケーション

  • 次世代シーケンシング (ターゲット・キャプチャー解析、エキソーム解析、全ゲノム解析、RNA-Seq解析)
  • 通常のエンドポイント PCR
  • qPCR

関連製品

仕様

内容構成

  • Mineral Oil (MO)
  • Lysis (LBA)
  • Bind (BBA)
  • Wash (WBA)
  • Re-Bind (RBA)
  • RNase A
  • Proteinase K

保存方法:室温保存

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