SeqCap EZ プライム チョイスライブラリー

(SeqCap EZ Prime Choice Library)

ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社

製品概要

お知らせ

<2018年11月>

輸送温度の変更がございます。
詳しくは以下の案内文をご覧ください。

▶▶ SeqCap EZ、EZ Prime、EpiおよびRNAプローブの輸送温度変更について ◀◀

概要

SeqCap EZ Primeは、プローブ合成方法を改善することで、よりGC含有量の多い領域でのシークエンスリードが向上します。

 

特徴

・深いシークエンスをする事が難しかったGC含量の高い領域でのシークエンスカバレージの改善が図られています。 

・全体の均一性が改善され、深くシークエンスできる範囲が広がります。

・既存のデザイン(Config番号)はそのまま使えます。 

 

SeqCap EZ Prime Choice Libraryは、
7Mb
までのヒト任意のターゲットゲノム領域を抽出・濃縮するための試薬です。 
SeqCap EZ Designs 
から各研究に最適な実績のあるデザインを選択していただくことも可能です。


SeqCap EZ Prime Choice XL Libraryは、 
7Mb~200Mb
までのヒト任意のターゲットゲノム領域を抽出・濃縮するための試薬です。 
SeqCap EZ Designs 
から各研究に最適な実績のあるデザインを選択していただくことも可能です。

 

 

実験ワークフロー

シークエンスキャプチャー実験は、ライブラリ調製の工程とハイブリダイゼーションの工程に大別されます。

・ ライブラリは検体毎に調製する必要があります。ライブラリ調製工程で使用するキットは実験検体数分をご準備ください。ライブラリ調製時にSeqCap Adapter Kit Bをご利用の場合には、ハイブリダイゼーションの工程で SeqCap HE-Oligo Kit B が別途必要となります。

・ SeqCap EZ システムでは、プレプール(予め調製した複数のライブラリをプールしてハイブリダイゼーションを実施)することができますので、ハイブリダイゼーション工程で使用するキットは、ハイブリダイゼーションの回数に応じてご準備ください。

製品の特徴

圧倒的大多数のプローブでターゲットをカバー: 
最大 210 万種類の長鎖プローブを使用することでターゲットに対して深く重なり合うようにプローブを設計。キャプチャーエラーによるシークエンシングの取りこぼしを防止!
指定できるターゲットのサイズが広い: 
最大 7 Mb までのゲノム領域にフォーカス!連続的な領域でも不連続な(エクソン様の)領域でも!
良好なカバレージ均一性: 
均一なシークエンスリードが得られるように独自のアルゴリズムでプローブを設計。シークエンス量を節約しても良好なシークエンス結果を取得!
多検体処理も可能な簡単プロトコール: 
安定な DNA オリゴプローブを用いたチューブ内での反応!マルチウェルチューブも利用可能!
品質確認用コントロール領域を予め搭載: 
キャプチャー結果評価に使用するためのプローブ、プライマーの設計不要! 

プローブの設計はエンリッチメントの成否とシークエンシング結果において最も重要です。
例えば、ターゲット領域に等間隔でプローブを配置するという標準的なタイリングデザインでは、特にエクソン領域をターゲットとした場合では、エクソン間で のカバレージプロファイルにバイアスが生じる傾向があり、良好なシークエンスパフォーマンスが得られない場合があることが実証されています。
最大210万種類という圧倒的に大多数のプローブが利用可能であることから、ターゲットに対して複数のプローブを割りあてることができます。プローブ同士 は互いに重なり合う位置に配置されますので、例えばミスマッチやインサーションが入ったゲノム断片が、ある1つのプローブでキャプチャーできなかった場合 でも近傍のプローブによりキャプチャーされます。このようにプローブを厚く配置することにより、シークエンスデータの取りこぼしを防ぐことが可能なので す。
Roche NimbleGenのシークエンスキャプチャーでは長鎖のオリゴヌクレオチドをプローブとして利用しますが、その長さは一定ではありません。リファレンス となる遺伝子配列に応じて長さを可変させています。さらに、お互いに重なり合うプローブ同士は一定の間隔で配置されているわけではありません。これまでの 数多くの実験によって得られた知見に基づく独自のアルゴリズムでプローブが深く重なりあう領域や広く間隔の空いた領域を作ることにより、均一性の高いシー クエンシング結果が得られます。

より広い領域をキャプチャーできれば、よりたくさんの SNVs が検出できます。
SeqCap EZ と他社プローブ設計アルゴリズムの標準パラメーターを適用して、ヒト 11 番染色体の 61-61.5 Mb という 500 kb の連続領域をターゲットとしてプローブ設計を試みた場合の結果を比較しました。プローブが設計できた領域が黒で示されています。他社アルゴリズムでは 222 kb のみがプローブでカバーされたに過ぎませんでしたが、SeqCapEZ では 372 kb に対してプローブを設計することができました(おおよそ 20 % 増)。

 

◆SeqCap EZ Choice Library 新規デザインをご利用の場合
コチラ:NimbleDesign または コチラ:NimbleDesignで対応できない場合 のページ をご参照ください。

パフォーマンス情報

ターゲットサイズ、ターゲット領域の異なるデザインの SeqCap EZ Choice を用いて、HapMap サンプルを (A) 454 ゲノムシークエンサー、(B) Illumina GA IIx でそれぞれシークエンスしました。キャプチャー&シークエンシング実験は独立して 3 回実施し、それぞれのデザインでの On-Targetリード (%) の平均値(エラーバーは ± 1 SD)を表示しています。

使用事例

※SeqCapシリーズ製品の採用事例です。

 

Insights into beta cell regeneration for diabetes via integration of molecular landscapes in human insulinomas

<関連製品>
HyperCap Reagent Kit
・ハイスピード、ハイパフォーマンス、イージーワークフローの「HyperCapプロトコール専用キット」
・バリデートされた96 indexアダプターキット
・ユニバーサルブロッキングオリゴで多検体処理にも対応

 

参考サイト

◆ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社
NimbleGen ターゲットエンリッチメントスペシャルサイトはこちら

 

関連動画

Cancer Research Challenge / がん研究におけるターゲットエンリッチメント・シークエンスとそのライブラリー調製(AACR 2017にて)

 

 

動画再生はこちらから

 

Nimble Design

NimbleDesign

 

Nimble Design

SeqCapカスタムプローブを、ご自身でデザインできるサイトです。
簡便な操作でヒト、マウス、ラット、ウシ用のカスタムデザインを作成できます。
またそれ以外の生物種のプローブ作製依頼もできます。

仕様

製品構成

・SeqCap EZ Library
・CD/DVD

保存温度

冷凍便(ドライアイス梱包)から常温便へ変更
※プローブ受取後は、従来どおり-15~-25℃での保管必須

備考

・価格は予定なしに変更することがございます。
・「梱包単位」はハイブリダイゼーションを実施できる回数で表示されています。マルチプレックス(インデックス)の利用状況などにより処理できるサンプル数は変動します。(「マルチプレックスキャプチャーとは?」 をご参照ください)。
・ターゲットエンリッチメントのパフォーマンスはターゲット領域の特性により大きく変動します。ターゲットサイズの他、ターゲット領域内の塩基配列 (G/C含量)、反復配列の分布(Alu, LINE, LTRなど)、進化関連領域(保存性の高い偽遺伝子やシーンファミリーなど)、リファレンスゲノムに対するコピー数(CNV、超可変領域など)などの影響 を受けることが考えられます。大規模実験を行う前にそのデザインを用いた場合のパフォーマンスをスモールスケールの実験でご確認いただくことをお奨めいた します。

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製品によってはサンプルのご用意が無い場合もございます。予めご了承ください。

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納期/出荷日について

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月曜~金曜(土日祝日除く)14:30迄に販売店様よりご注文いただき弊社倉庫に在庫がある場合、基本的には当日出荷させていただきます。
弊社倉庫に在庫がない、もしくは何らかの事情で当日出荷ができない場合は、弊社よりご注文いただいた販売店様へ納期のご連絡をさせていただきます。
※冷凍品(-20℃)に関しては、原則として休前日(金曜日など)の出荷を行っておりませんのでご了承ください。(一部販売店様向けを除く)

CatNo.概要単位価格在庫
SeqCap EZ Prime Choice Library
08247447001 SeqCap EZ Prime Choice Library ターゲットサイズ 7Mb ヒトの任意の7Mbまでの領域 4反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
08247455001 SeqCap EZ Prime Choice Library ターゲットサイズ 7Mb ヒトの任意の7Mbまでの領域 12反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
08247463001 SeqCap EZ Prime Choice Library ターゲットサイズ 7Mb ヒトの任意の7Mbまでの領域 24反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
08247471001 SeqCap EZ Prime Choice Library ターゲットサイズ 7Mb ヒトの任意の7Mbまでの領域 48反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
08247480001 SeqCap EZ Prime Choice Library ターゲットサイズ 7Mb ヒトの任意の7Mbまでの領域 96反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
08247498001 SeqCap EZ Prime Choice Library ターゲットサイズ 7Mb ヒトの任意の7Mbまでの領域 384反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
08247501001 SeqCap EZ Prime Choice Library ターゲットサイズ 7Mb ヒトの任意の7Mbまでの領域 960反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
SeqCap EZ Prime Choice XL Library
08247510001 SeqCap EZ Prime Choice XL Library ターゲットサイズ 7~200Mb ヒトの任意の7~200Mbまでの領域 4反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
08247528001 SeqCap EZ Prime Choice XL Library ターゲットサイズ 7~200Mb ヒトの任意の7~200Mbまでの領域 12反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
08247536001 SeqCap EZ Prime Choice XL Library ターゲットサイズ 7~200Mb ヒトの任意の7~200Mbまでの領域 24反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
08247544001 SeqCap EZ Prime Choice XL Library ターゲットサイズ 7~200Mb ヒトの任意の7~200Mbまでの領域 48反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
08247552001 SeqCap EZ Prime Choice XL Library ターゲットサイズ 7~200Mb ヒトの任意の7~200Mbまでの領域 96反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
08247579001 SeqCap EZ Prime Choice XL Library ターゲットサイズ 7~200Mb ヒトの任意の7~200Mbまでの領域 384反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
08247587001 SeqCap EZ Prime Choice XL Library ターゲットサイズ 7~200Mb ヒトの任意の7~200Mbまでの領域 960反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可

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