NGSライブラリー増幅キット (LAキット)

(KAPA Library Amplification Kit (LA Kit))

KAPA BIOSYSTEMS

製品概要

PCRによって引き起こされるバイアスに対処し、シーケンスカバー効率の均一性を
向上させることを目的に開発されました。

特長

・ハイフィデリティーエンジニア酵素使用 (KAPA HiFi / KAPA SYBRFast)
・アダプター結合後の増幅時にバイアスを低減すること可能で、シーケンスカバー率を向上。
・GCおよびATリッチゲノム領域の増幅率向上
・低GCおよびATリッチ領域でもバイアス発生低減されます
・2種類のキットから選べます (PCR法 と リアルタイムqPCR法)
・リアルタイムqPCR法では、時間のかかるゲル電気泳動が不要です。

参考文献1

英国 Wellcome Trust Sanger 研究所において、KAPA HiFi DNA polymerase(KAPA LibararyAmplificationKit)による NGSライブラリーのバイアス低減の有用性が検証されました。

(1)
Samuel O Oyola * et al., Optimizing Illumina Next-Generation Sequencing library preparation for extremely AT-biased genomes BMC Genomics 13:1, (2012)
*Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, UK.
「Illumina社次世代シーケンシングにおけるATリッチなライブラリー調製の最適化」
(右 【関連情報】の参考文献よりダウンロード可能です。)

(2)
Michael A Quail* et al., Optimal enzymes for amplifying sequencing libraries, Nature Methods 9,10 11 (2012)
*Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, UK.
「次世代シーケンスにおけるライブラリー増幅に最適な酵素」

参考文献2

KAPA Biosystems社製品を用いて開発された”LIMprep法”が応用されている「高感度な単一細胞のRNA-Seq」に関する論文が発表されました。

Yohei Sasagawa, Itoshi Nikaido, Tetsutaro Hayashi, Hiroki Danno, Kenichiro D Uno, Takeshi Imai and Hiroki R Ueda,

Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive single-cell RNA-Seq reveals non-genetic gene expression heterogeneity, Genome Biology 2013, 14:R31 (doi:10.1186/gb-2013-14-4-r31) http://genomebiology.com/2013/14/4/R31/abstract

 

●アプリケーションノート(国内実績)
理化学研究所 笹川洋平 様よりご提供いただいたLIMprep法に関するアプリケーションデータは、
本ページ上部「アプリノート」タブ内よりダウンロードいただけます。
下記から詳細プロトコールもご覧いただけます。

微量(0.1-10ng)サンプルからのMultyplex Library Preparation Method
- LIMprep(Ligation based Illumina Multiplex library PREParation method) -

 

●LIMprep詳細プロトコールはこちら

*ご注意
Quarts-Seq(シングルセル RNA-Seq)におけるLIMprepのプロトコールは、精製ステップなどに若干修正が加えられた
Quarts-Seq専用のLIMprepプロトコールとなっております。
大変お手数ですが、Quarts-Seq全般に関するプロトコール(Quarts-Seq専用LIMprep含む)は、下記の
理化学研究所 情報基盤センターバイオインフォマティクス研究開発ユニットのプロトコールページよりダウンロードください。
http://bit.accc.riken.jp/protocols/

参考文献3

Naomi Park* et al,
An improved approach to mate-paired library preparation for Illumina sequencing,
Methods in Next Generation Sequencing. Volume 1, Pages 10–20, ISSN (Online) 2084-7173, DOI: 10.2478/mngs-2013-0001, July 2013

*Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, UK.
「Illumina社次世代シーケンシングにおけるメイトペア・ライブラリー調製法の改良」

<リンク先>
この論文のリンク先はこちらになります。このページから直接ダウンロードできます。

仕様

■キット内容
●KAPA Library Amplification Kits (PCR法)
・2x KAPA HiFi Hot-Start ReadyMix

●KAPA Library Preparation Kits with Real-Time Amp (qPCR法)
・2x KAPA HiFi HotStart Real-Time PCR Master Mix
・4 x 1.5 ml Fluorescentスタンダード

■保存条件:
-20℃で1年間
※独自の酵素安定化剤により、凍結融解の影響をほとんど受けません。

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  • 返品不可返品不可
CatNo.概要単位価格在庫
KK2620 KAPA Library Amplification Kit (HiFi HotStart Ready Mix (2X)), Primer Mix 付き 50回/50ul反応 お問い合わせください 受注発注品
KK2611 KAPA Library Amplification Kit (HiFi HotStart Ready Mix (2X)), Primer Mixなし 50回/50ul反応 お問い合わせください
KK2612 KAPA Library Amplification Kit (HiFi HotStart Ready Mix (2X)), Primer Mixなし 250回/50ul反応 お問い合わせください
KK2702 KAPA Library Amplification Kit (Real-time PCR library amplification, with fluorescent standards) 250回/50ul反応 お問い合わせください 受注発注品

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FAQ

使用方法・
技術的内容
KAPA Library Amplification Kitについて教えてください。これまでilluminaの純正オリゴを使ってきたのですが、今回からNebnext Singleplex Oligos for Illuminaを使うことになりました。KAPA LAキットはgenomic DNA用のプロトコルを使用しています。Nebnext Singleplex Oligos for Illuminaを使用した際、反応液の組成やPCRプログラムをどのようにさせてもらえば良いのか教えてください。
基本的にはこれまでの純正オリゴアダプターで実施されていらっしゃった場合と同じ反応組成およびプログラムで問題ないかと存じます。

(詳細)
Nebnext Singleplex Oligos for Illuminaのキット内容を確認しましたところ、ループ状のアダプターと、ループを切断する酵素、増幅用プライマーのセットになっておりました。
したがいまして、アダプターをライブラリーにライゲーションしてループを切断してしまえば、基本的には純正と近い形状のライブラリーになるかと存じます。

その後のステップについては特に注意点等の記載がありませんでしたので、純正の場合と同じステップで
進めて良いかと存じます。

以上のように、KapaLAKitに関しては、その後の増幅ステップで使用いたしますので、
増幅用のプライマーをNebnext Singleplex Oligos for Illuminaのプライマーに単純に置き換えていただければ、基本的には同じようにご使用いただけるかと存じます。
使用方法・
技術的内容
KAPA library amplification kit (LA kit)について質問です。 NGS libraryの調製にKAPA NGS library preparation kit for illumina(LP kit)を、アダプター及びプライマーに、 NEBNext Multiplex Oligos for illuminaの使用を考えています。 そこで、Libraryの増幅に際し、LP kitとLA kitではBuffer組成等違いがあるのでしょうか。 違いがないとすれば、アダプターとプライマーを別に用意した上でLP kitのみを購入すれば、library調製に関しては 事足りるということでしょうか。 また、LA kit(PCR法)とKAPAHiFi HS ReadyMixとの間にも違いはあるのでしょうか。
下記の3者の試薬は、全く同じもの(酵素およびバッファー組成)になっております。
分かり難く、大変申し訳ございません。

 ① KAPAHiFi HS ReadyMix(PCR試薬)
 ② KAPA library amplification kit (LA kit)
 ③ KAPA NGS library preparation kit for illumina(LP kit)に含まれている
   ライブラリー増幅用酵素KAPAHiFi HS ReadyMix

ですので、おっしゃるように、③のKapaLPKitに、アダプターとプライマーをご用意いただければ、ライブラリー調製に
必要な基本的なコンポーネントは揃います。
(別途、ライブラリーの増幅用途にKapaLAKitをご用意いただく必要はございません。)


(詳細説明)
下記の3者の違いについて、ご説明させていただきます。
 ① KAPAHiFi HS ReadyMix(PCR試薬)
 ② KAPA library amplification kit (LA kit)
 ③ KAPA NGS library preparation kit for illumina(LP kit)に含まれている
   ライブラリー増幅用酵素KAPAHiFi HS ReadyMix

もともとは、非常に高い正確性を持ち、かつ増幅性能が良いPCR用酵素として①のKAPAHiFi HS ReadyMix(PCR試薬)が
開発されておりました。こちらは、プロトコールもPCR用に開発されております。

その後、この酵素を次世代シーケンサー用ライブラリーの増幅ステップに応用したところ、上記のメリットに加え、
通常のPCRでは検討が避けられるようなGC/AT含量が高い領域でも、バイアスが低く増幅できるため、非常に効果的で
あることが分かりました。
そこで、特にillumina用ライブラリー増幅用途に、あらためてライブラリー増幅用プロトコールを開発したものが
②のKapaLAKitになります。
(プロトコールが異なっている別アプリケーション用のキットとして、別名でリリースされました。)
ですので、酵素および反応組成自体は上記①と同じで、プロトコールのみが異なっております。

さらに、ライブラリー調製に必要な3種類の酵素(End-Repair、A-Tailing、Ligation用)と組み合わせた
ライブラリー調製キットとしてリリースされたものが③のKapaLPKitになります。
こちらは、ライブラリー調製の一連のプロトコールがサポートされております。

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