酵素消化されたDNAの泳動結果が予想と異なりました。原因はなんでしょうか？

以下の内容に該当しないかをご確認ください。

 

①予想よりもバンド数が少ない場合

切断が十分でない可能性があります。以下の可能性をご確認ください。

・基質に認識配列があるか確認してください。

・制限酵素のメチル化感受性をチェックしてみてください。メチル化は切断をブロックします。

・制限酵素反応が十分になされていない可能性がございます。反応条件の見直しを行い、再度ご検証ください。

 

②予想よりもバンド数が多く観察された場合

意図しない切断が起こっている可能性があります。以下の可能性をご確認ください。

・基質の配列情報を確認し、目的とする領域以外に認識配列がないかご確認ください。

・スター活性によって、標的以外の領域で切断されている可能性がございます。反応組成や時間などをご検討いただき、再度ご検証ください。

 

③バンドの検出位置がずれていた場合

切断部位が変わっている可能性や、泳動が正しく行われていない可能性があります。以下の可能性をご確認ください。

・上記①②に問題がないか、ご確認ください。

・一部の制限酵素はDNAに強く結合し電気泳動に影響を与えるため、バンドサイズが正しく反映されない場合がございます。泳動には可能な限り、付属の6X DNA ローディングバッファーをご使用ください。

※付属の6X DNA ローディングバッファーを使用した場合はこの可能性が少なくなります（酵素とDNA間の影響を抑制します）。