dual-indexのアダプターは使用できますか?また、イルミナのアダプターで作成したライブラリでMultiplex解析はできますか？

16Mチップではシングルインデックスですが、144Mチップにてデュアルインデックスを提供する予定です。
現時点では、ペアエンド、UMIアダプター、タグ付きアダプター等のアダプターには対応していませんが、それ以外のアダプターを使用したMultiplex解析は可能です。