SeqCap アダプターキットのindex adaptorを付加したサンプルをレーンシーケンスで使用することができますか？

はい。使用できます。
　
【補足_使用できるインデックス配列について】
ライブラリー調製の際、インデックスホッピングの影響を低減するため、それに対応したインデックスアダプターをご使用いただく必要がございます。
具体的なインデックス配列は、下記よりエクセルの表をダウンロードの上、ご確認ください。（2019/07/24更新）
インデックス配列