PCR1100装置でMinor Groove Binder（MGB）プローブを使用することはできますか？

はい、使用できます。
弊社でも実際にMGBがついたプローブを使用して問題なく使用できる事を確認しております。

(注意)
MGB自体はクエンチャーとしての効果はございません。MGBをプローブに付加することによってターゲットDNAにプローブが強く結合され、アニール温度を上げるためのものです。
MGBプローブを作成する場合は、以下の例を参考にして作成してください。
　　
例) FAM―ターゲット配列―BHQ1(クエンチャー)―MGB