本製品を用いてできたPCR産物を、精製等をせず色素入りのままTAクローニングのライゲーション反応液に加えて反応させても、ライゲーションへの影響はないでしょうか？

本製品はPCR反応後に、PCR産物をそのまま泳動することを目的に開発されております。
メーカーとしては、基本的にどのPCR試薬を用いた場合におきましても、PCR産物をダウンストリームアプリケーションにご使用いただく場合には、精製いただくことをお奨めしております。

主な理由としては、色素のみならず、反応バッファーに含まれる様々な成分について、それぞれのダウンストリームへの影響を予測・評価することが難しいためです。さらに、未精製の場合にはDNA量を正確に定量することが難しく、ダウンストリームへのDNAインプット量のコントロールが難しくなるためです。

しかしながら、こちらの製品に含まれている色素につきましては、数多くの色素の中から、スクリーニングによって「PCR酵素の反応を阻害しない色素」が選択されております。
このため、他の酵素反応も阻害しにくいことが予想され、ご心配されているような色素自体がライゲーション反応に与える影響は、小さいと考えられます。もしもこれまでに「色素なしのPCR反応液」で問題なくご使用いただけている場合、同様にご使用いただける可能性もございます。