Q
事前にパルスフィールド電気泳動でサイズ確認して、Blue Pippinを使用しています。 サンプルのサイズ・量と泳動条件を揃えて抽出しても、 回収量が大きく変動することがありますが、その場合はどのような原因が考えらえますか?
一般的に回収量が大きく振れる原因は、主に下記の2つの要因が考えられます。
① 回収時のバラつき:DNAは溶出ウェルの最終膜(限外ろ過膜)でトラップされます。
回収時にピペッティング等で膜から遊離させますが、この時に回収率がバラつき易いです。
② 泳動中のバラつき:基本原理がアガロース電気泳動ですので、原理上環境条件やサンプル中の電荷物質などの諸要因で、
Runバッチ間の移動度のバラつきが生じ易いです。
特に長鎖の場合や長時間の電気泳動では、レーン間の移動度のバラつきが大きくなります。
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