FFPEサンプルを使用する場合に推奨されるワークフローはありますか？

特にありません。 標準プロトコールに従ってターゲットキャプチャー用FFPEライブラリーを作製して下さい。WGSワークフローでは、恐らくサイズセレクションが必要になるでしょう。