OUTLET MARKET ShortReadEliminatorKit XS
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DETAILS商品詳細

ShortReadEliminatorKit XS

サーキュロミクス

ShortReadEliminatorKit XS

正規型番:SS-100-121-01アウトレット型番:OL-CI-4229
入数:15回用

  • 在庫処分
説明
在庫処分(クリアランス)
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商品仕様

お知らせ

<2022年9月12日掲載>

この度、Pacific Biosciences of California社がCirculomics社を買収したことにより、Circulomics社製品の販売元、
型番、包装単位、および価格が変更されることとなりました。

製品をご愛顧いただいているお客様には誠に恐縮ではございますが、何卒ご理解賜りますよう宜しくお願い申し上げます。

詳しい内容につきましては、ご案内文にてご確認くださいますようお願い申し上げます。

 

変更時期:

2022年9月30日までCirculomics 社の現型番にて販売(弊社在庫がなくなり次第、新型番に切替)
2022年10月1日よりPacific Biosciences of California社の新型番にて販売

 

ご案内文はこちら>>こちら

 

 

高分子DNAの迅速なHighPassサイズセレクションに最適

特長

本製品は、サイズ選択的な沈殿法により最大 40 kb未満のショートリードを除去することが可能なキットです。

長さが最大40 kbの短いDNAを除去することで、結果的に平均リード長を劇的に向上させることができます(図1)。

 

図1. Short Read Eliminator(SRE)Kitを用いてサイズ選択されたHMW gDNAの1%アガロースゲル分離。
SRE Kitを用いることで短いDNAバンドが全て除去されました(レーン右)。
DNAサイズのカットオフは、スパイクインラダー(Thermo Scientific GeneRuler 1 kb Plus、#SM1334)を用いて実証されています。
サンプルはNanobind CBB Big DNA Kit + 20 ng /uLラダーを用いてGM12878細胞から抽出した50 ng /uLgDNAです。

ラインナップ

品名 カットオフサイズ インプットDNA 回収効率 補足

Short Read Eliminator XS

10 kb 25 - 150 ng/ µL 80% 断片化DNAに最適

Short Read Eliminator

25 kb 50 - 150 ng/ µL 60%

高品質のDNAが必要

(>48 kb)

Short Read Eliminator XL

40 kb 50 - 150 ng/ µL 40%

より高品質なDNAが必要

(>>48 kb)

Shot Read Eliminator KitはHMW DNAサンプルから短鎖DNAを徐々に除去します。
(すなわち短いDNAは長いDNAよりも完全に枯渇する)高い回収率を得るためには、入力DNA品質に基づいて適切なキットを選択する必要があります。

 

期待される結果

平均リード長は、以下に依存します。

1)インプットDNA中に存在する短鎖DNAの量
2)インプットDNA中に存在する長鎖DNAの量

Oxford Nanopore MinION / GridION / PromethION シークエンシングプラットフォームにおいては、リード長N50が最大25 kb増加する事を試験済みです。
(PacBio Sequelでのテストは未実施)

*試験では、1D Ligation Sequencing Kit  SQK-LSK109 を使用しております。


全体的な回収効率は、以下に依存します。

1)インプットDNAの品質
2)インプットDNAの濃度
本キットにより高分子(High Molecular Weight)DNAの約60%を回収することが期待できます。

サンプルは主に高分子DNA(> 48 kb)で構成されている必要があり、そうでない場合には回収率が低下します。

 


 


図2. 図1と同一のサンプルをAgilent Tapestation 4200 により分析した結果。
SRE Kitを用いることで短いDNAバンドが全て除去されました(レーン右)。

処理は約1~2時間で完了

処理は、シンプルな遠心分離工程および2回の洗浄工程のみ。
合計処理時間は1〜2時間です。



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キット構成内容

・Buffer SRE 1mL

・Buffer EB 2mL

 

保存条件:室温(18~25℃)にて保管して下さい。

通常価格
¥ 39,800

36%OFF¥ 25,500(税別)

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