OUTLET MARKET KAPA UDI PrimerMixes,289−384
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DETAILS商品詳細

KAPA UDI PrimerMixes,289−384

カパバイオシステムズ

KAPA UDI PrimerMixes,289−384

正規型番:9329854001アウトレット型番:OL-RD-4210
入数:96反応

  • ワケあり
説明
期限切れ間近の製品です(使用期限:2022年9月)。

正規品の情報はこちらをご覧ください。
リンク先のページが表示されない場合や、詳しい商品情報をお求めの場合はお問い合わせ下さい。

商品仕様

KAPA HyperPlex アダプターシリーズであるユニバーサルUMIアダプターは、固有の分⼦バーコード(Unique Molecular I ndexes)を含んだイルミナプラットフォーム⽤のアダプターです。

本製品とKAPA ユニークデュアルインデックス(UDI)プライマーミックスを共に使⽤することで、分⼦バーコード付きのライブラリーを調製する事ができます。

各サンプルに付加した分⼦バーコードを解析することで、異なるリードを適切に判別することが可能となり、低頻度のバリアント検出の精度をさらに⾼めることができます。

 

特長

  • 16種類の分子タグを含んだアダプター試薬です。

  • バーコードコンタミネーションを防ぐQCテスト実施済
  • KAPA UDIプライマーミックスと組み合わせて使⽤するTruncatedアダプターです。

 

Full lengthアダプターと比較して⾼いライブラリー収率を実現

50 ngのヒトゲノムDNA(NA12878; Coriell Institute)とKAPA HyperPlus Kitを⽤いて、Truncated(KAPA HyperPlex)アダプター、Full lengthアダプターの平均ライブラリー収量を⽐較した結果(n=12、PCR cycle 7)

 

Truncatedアダプターは、Full lengthと⽐較して、約2倍の収量が得られました。

 

低頻度変異の解析に必要な低エラー率を実現

独自の二本鎖バーコーディングを採用

⼀本鎖からなる分⼦バーコードと⽐較して、⾮常に低いエラー率を実現することができます。
また、本製品による分子バーコード配列はインサート配列のすぐ隣に導⼊されるので、PCRによるキメラの発⽣頻度が低く、マッピングされないリードの割合を最小限にします。
このため、効率の良いシーケンスを実現します。

 

慎重に設計された16種の配列既知の分子タグ

本製品は、ランダム配列の分子バーコードではなく慎重に選択した16種の既知配列の分⼦バーコードを使⽤しています。
このため、バーコード上に⽣じたエラーは解析の際に除外できます。
また、フラグメントの両側に付加する⽅式を採⽤しているため、16×16=256種類の分子が識別できます。
解析時には、それぞれのフラグメントのスタート位置とエンド位置も考慮してユニーク分⼦を判別しますので、⼗分な感度での解析が可能です。

 

データ解析時にin silicoでオリジナルの⼆本鎖の配列を作成(再現)します。

(Integrated digital error suppression for ultrasensitive detection of circulating tumor DNA Nat Biotechnol. 2016 34:547-555.より改変)

 

KAPA HyperCap Workflowに適合

  • 本製品を用いる、FFPE/cfDNA専⽤プロトコールが⽤意されています。

    KAPA HyperCap FFPET DNA Workflow
    KAPA HyperCap cfDNA Workflow
  • 384種類のKAPA UDIプライマーミックスと併せて使⽤します。
  • アダプター配列が短いため、アダプター配列同士のセルフアニーリングを防ぐためのブロッキングオリゴが効果的に作用でき、⾼いオンターゲット率を実現します。

 

健康なドナーから採取した5種のcfDNAサンプルとctDNA Complete™ Reference Material AF0.5% (SeraCare)を⽤いて、KAPA HyperCap Oncology Panelによるターゲットシーケンスを⾏った⽐較結果(n=2、50 millon cluster, 2 x 150 bp)

KAPA ユニバーサルUMIアダプターは、Supplier I社のUMIアダプターと⽐較して、% error rateが低く、duplex recovery率(in silicoでの⼆本鎖の再現率)が⾼くなりました。
このように、分⼦バーコードとして⾼いパフォーマンスを⽰します。

 

KAPAアダプター選択ガイド

機能

 

KAPA ユニーク デュアルインデックス アダプター

KAPA HyperPlex アダプター

ユニバーサルアダプター

ユニバーサルUMIアダプター

(本製品)

インデックス数 96 384
P5 + P7バーコードの数 96 + 96 384 + 384
lllumina社と同じインデックス配列 いいえ(1) いいえ(1)
全てのIllumina社シーケンサーに対応
(patterned / non-patterned flow cells)
対応 対応
PCRフリーのライブラリー調製 対応 ⾮対応
分子バーコード なし なし あり

対応しているライブラリー調製キット

KAPA HyperPrepKAPA HyperPlus
KAPA RNA HyperPrep
KAPA HyperCap

 

メーカー検証済み

メーカー検証済み

互換性あり(2)

 

互換性あり

メーカー検証済み

メーカー検証済み

 

互換性あり

互換性あり

メーカー検証済み

KAPA Universal Enhancing Oligosとの互換性 あり あり
アダプターの情報

Full length、15 µM、

4反応/アダプター(3)

Truncated、15 µM、

1反応/アダプター(3)

Truncated、33 µM、

1反応/アダプター(3)

キット構成 ハードシェル96ウェルプレートで提供(4) アダプターは、チューブで提供
プライマーミックスはハードシェル96ウェルプレートで提供(4)
KAPA Adapter Dilution Buffer 付属(1キットあたり25 mL) 別売

(1) KAPA ユニーク デュアルインデックス アダプター(KAPA UDI アダプター)およびKAPA UDIプライマーミックスに使⽤されている192および768のバーコード配列のセットは、Roche社の独占的なものであり、P5/P7それぞれのセット間で異なっています。

(2) 理論的には可能ですが、十分に検証されていません。

(3) アダプターの希釈が不要な場合、KAPA HyperPrep KitまたはKAPA HyperPlus Kitを使用して、それぞれ4回または1回のライブラリー調製を行うのに十分な量が提供されます。

(4) KAPA UDIプライマーミックスとKAPA UDI アダプターのプレートは、剥離可能なシール付きで出荷されます。
交換⽤アルミシールは、プレート1枚につき3枚提供されます。


* KAPA HyperPlex アダプターおよびKAPA UDI アダプターはMethyl-seqアプリケーションとの互換性はありません。

 

関連製品

 

注意事項

KAPA HyperPlexアダプターとKAPA UDIプライマーミックスをご使用になる場合、KAPA HyperPlus Kit、KAPA HyperPrep Kit、KAPA RNA HyperPrep Kitに同梱されているLibrary Amplification Primer Mix (10X)は、使用しませんのでご注意ください。



  • アダプター濃度:33 µM
  • 保存温度:–15℃~–25℃

通常価格
¥ 65,000

80%OFF¥ 13,000(税別)

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