増殖曲線が立ち上がって、プラトーになるときの到達点が揃わない原因は何でしょうか？

プラトーになる原因は、dNTPやprimerの枯渇等によるものです。

プラトーの高さにばらつきが出たのは、ウェル毎にdNTPやprimerの枯渇のタイミングが異なったためと考えられます。

プラトーの高さがそろわない場合でも、Cq値を算出するのはプラトーに達する前の増幅曲線が一定の高さに達するときとなりますので、測定結果に影響はございません。