KAPA Unuversal Adapter と KAPA Unique Dual Index Primer Mixesで金額が全然違いますが、そもそも何が違うのでしょうか？

ライブラリのアダプターの付加方法は、ライゲーションベースとPCRベースの物がございます。

こちらは、PCRべースでアダプターインデックスを付加する製品となっており、KAPA Universal Adapterをライゲーション後、KAPA Unique Dual Index Primer Mixesを用いたPCR反応によってインデックスを付加させます。
アダプター試薬とインデックス試薬が分かれている製品のため、基本的にこの二つの試薬をご用意いただく必要がございます。