シングルプレックスの場合、キャプチャー工程時のインプット量は1 µgなので、マルチプレックス 時も1 µgで可能ですか？

マルチプレックスの場合、インプットDNA量を増やした方が反応効率が良いため、KAPA HyperCap Workflow v3.0では1.5 µgスタートで至適化されています。

マルチプレックス時のインプット量は1.5 µgで実施してください。

シングルプレックス時のインプット量は1.5 µgに増やしても問題ありません。