作業中に、ピペットチップでひっかいてしまった場合、バイオイナート表面に傷が入り、バイオイナートの効果に問題を生じることなどありますか？

チップでひっかいた程度で、表面特性に問題が生じることはないと思います。

しかしながら、擦る等の物理的接触は、可能な限り避けることを推奨いたします。