菌叢解析受託サービスに使用するシーケンサーを教えてください。

16S解析はMiSeqにて実施します。
メタゲノム解析はNovaSeqにて実施します。
なお、上記ショートリードシーケンスのみでなく、ロングリードシーケンスでの受託も可能です。