illuminaのLibraryを定量しようと考えているが、以下のようなLibraryは定量に含まれるでしょうか？ 通常のLibraryはP5とP7の配列がInsertの両端にあるが（P5-insert-P7）、P5またはP7のどちらか一方のみが、Insertの片方にのみある場合（P5-insert or P7-insert）、又、Insertの両側にP5またはP7がある場合(P5-insert-P5, P7-insert-P7)は定量に含まれるでしょうか？

結論から申し上げますと、本キットでは「通常のライブラリー（P5-insert-P7）のみ」が定量され、それ以外のイレギュラーなライブラリーは、基本的には定量いたしません。 （詳細） 本キットには下記のような配列のプライマーが使用されており、それぞれP5、P7にアニールするように設計されております。 　Primer P1: 5’-AAT GAT ACG GCG ACC ACC GA-3’ 　Primer P2: 5’-CAA GCA GAA GAC GGC ATA CGA-3’ したがいまして、両端にそれぞれP5、P7のアダプター配列を持つDNAのみがアンプリコンとしてPCR増幅され、定量されます。 ご質問のようなケースでは、厳密にはプライマーがアニールすれば伸長反応にはつながるかと存じますが、アンプリコンとしては増幅されません。