DNAサイズの幅が非常に大きく、複数のピークをもったDNAライブラリーとなってしまいました。 KAPA library quantification kitで定量する際に定量サイズをどのように設定するのが良いか、アドバイスをいただけませんでしょうか？

ライブラリー定量の際は、サイズ設定の方法に関しては、マニュアル記載の通り、TapeStation等で測定したAverage sizeを補正に用いてください。

 

ただし、弊社では、DNAサイズの幅が非常に大きい場合や、複数のピークをもったDNAライブラリー事例について把握をしておりません。

このため、サイズによる濃度補正が機能するか、どの範囲で設定するのが良いかを、正確に申し上げることが困難でございます。

 

濃度補正が機能しない場合、量比が意図したものと変わり、シーケンスを行ったとしてもデータ量のばらつきやオーバークラスターによりデータが取得できないケースも十分考えられると思います。

また、同じレーンで異なるサイズのライブラリをインプットした場合、出力データのクオリティに影響を与える可能性もございます。

可能でございましたら、一度、ライブラリーのサイズセレクションを行い、サンプルのサイズ分布をある程度揃え、ライブラリーの定量を行うことをご検討ください。